但是，三青团的骨干却开始筹谋化团为党，并向亲美的蒋中正表示，可以学习美国两党执政的政治策略，以达到改造国民党的目的。
为了说服蒋中正，三青团的骨干分子还主张蒋中正不仅应为国民党总裁，而且也应该成为新党领袖，如此达到民主执政的目的。
当然，三青团的这个建议暗契蒋中正的心意。因此，他在心里同意三青团升级为党的想法。
不过，国民党并非蒋中正一人说了算。
当时国民党内部派系林立，其中又以陈立夫等人组成的CC系最有影响力。在三青团是否成立新党的问题上，他们的态度非常鲜明，表示坚决不同意再立什么新党。
此后，党团的矛盾不断升级，甚至在湖南等地，还发生了三青团成员暗杀国民党干部及与国民党成员的械斗恶性事件。
与此同时，三青团内部也存在着各种派系之争。一些成员更是将入团当作结交上层官员的捷径，以达到升官的目的。
最让蒋中正失望的是，随着内战爆发，三青团不但没能继续发扬革命精神，反而由上而下，集体性地形成了官僚做派。这样的结果不仅不能改造国民党越来越严重的腐败现象，反而让三青团既脱离了群众，又与国民政府脱了节。
眼看着党团之间矛盾冲突不断，蒋中正起初还努力修正双方的关系，但是眼看着三青团的方向越来脱离他原本的初衷，再加上内战中后期，我党力量日益强大。为了能压制我党，蒋中正最终不得不宣布党团合并统一。
自此，一直自主运作的三青团，与国民党的博弈终于画上了句号。
（参考史料：《三青团论述》《毁灭的种子》等）
