巴达克山汗早就得到了清朝的统治，在霍集占等人逃窜而来的时候将二人抓获。
巴达克山汗惧怕清朝，欲将大小和卓兄弟送回来，但是当地宗教势力很大，他们以霍集占兄弟是圣裔为由阻止巴达克山汗交人，一时间清朝和巴达克山因为霍集占兄弟归属展开了拉锯战。
最后乾隆对富德下达谕旨“倘二贼被获情事不实，……即将拔达克山部落一并办理，亦无不可。”即如果巴达克山不交出大小和卓，就把巴达克山当做霍集占的同伙一块灭了，这就等于对巴达克山下了最后通牒。最后没有办法杀了大小和卓兄弟，但是只交出了霍集占的尸体，至于波罗尼都却没有看见。巴达克山表示波罗尼都的尸体是真的找不到了。虽然没有尸体但是清朝经过调查确认波罗尼度确实被杀了，后来查出波罗尼都的尸体是被他的仆人盗走掩埋了。
大小和卓兄弟死了，这场波及南疆的叛乱结束了，乾隆十分高兴，他下令奖赏平叛有功之人，同时为了庆祝天山南麓重归中国版图，乾隆特意按照西域“故土新归”之意取名“新疆”（这个时候新疆不是行政名称，而是一个称呼，后来左宗棠从阿古柏手中收复新疆，建立行省，特意取名新疆，表示故土新归，从此成为固定行政名称）。并且为了稳固新疆，清朝设立伊犁将军统辖新疆各部，设总理回疆事务参赞大臣专门管理回部，至此新疆地区进入平稳发展时期，平定大小和卓叛乱从此成为乾隆一大战功。
不过由于搜查不彻底和官员松懈，大和卓波罗尼都部分子孙躲藏在境外，后来多次借助外国势力在新疆为非作歹，比较大的由道光时代的张格尔叛乱等等，不过总体来说像大小和卓这样大的叛乱则再也没有发生过。
