明末清初的新疆以天山为界，分为南疆北疆。北疆的统治者是准噶尔汗国，而南疆的统治者是叶尔羌汗国。
叶尔羌汗国信仰伊斯兰教，但是因为对教义和其他方面的理解不同，逐渐分为两派，称为“白山派”和“黑山派”，这两派领袖都称自己是“圣裔”即是先知穆罕默德的后人，因此他们被称作“和卓”。
白山派和黑山派互不相容，互相斗争，最后白山派落败。不过白山派不甘心失败，既然自己打不过我就找外援，于是他们找到了北疆的准噶尔汗国，许以好处希望噶尔丹出兵相助。
此时的噶尔丹凭借强大的实力野心膨胀，正在想辙怎么吞并南疆，没想到白山派主动找上门来。对这样的请求噶尔丹求之不得，马上出兵，很快就灭亡了叶尔羌，但是白山派引狼入室也没得好报，噶尔丹马上将白山派和黑山派的和卓们全都关了起来，从而自己控制了天山南北。
从此这些出身高贵的和卓们都过上了暗无天日的囚禁生活，一直到清军的到来，他们才被释放出来重见天日。
这个时候那些年老的和卓已经死了，和卓的位置传给了波罗尼都和霍集占两兄弟，按照年龄大小，波罗尼都被称为“大和卓”，而霍集占被称为“小和卓”，清军将他们放了出来并且让他们回到了南疆继续他们祖辈之前的工作。
按理说他们被关了几十年年，过着惨无人道的日子，结果乾隆救了他们，还恢复他们的工作地位，提高他们的生活待遇，他们应该对乾隆对清朝感恩戴德，今后要踏踏实实工作才是。
可是乾隆这次遇到了白眼狼，霍集占兄弟对清朝没有感恩之心，他们认为自己能够获救是上天的恩赐，并且他们试图恢复旧日的叶尔羌汗国，因此一被放出马上就图谋背叛清朝自立。其实在刚刚平定准噶尔的时候，霍集占就已经暴露了谋反的迹象，但是从乾隆到平叛大军都没有放在心上，如果此时果断处置就能免除一场祸乱。
恰巧这个时候，准噶尔的阿睦尔撒纳图谋独霸准噶尔而举兵反叛，清朝顿时丧失对天山南北额管控。霍集占认为清朝兵力有限主力都在北疆，无心顾及南疆，因此联合哥哥举兵叛乱。霍集占杀死驻守库车城的清军守将阿敏道，公开举兵反叛。
大小和卓所在的回部叛乱大出乾隆所料，他没想到自己救出的居然是白眼狼，是忘恩负义之徒，他的感到了自己被愚弄，至高无上的皇帝尊严被亵渎，此刻的他恨不得把霍集占兄弟亲手杀死。可是现在他确实分身无术，阿睦尔撒纳肆虐北疆，他把全部精力都拖入到了捉拿阿睦尔撒纳中，实在无法分兵前往平定霍集占兄弟，于是只能放任霍集占在南疆胡作非为，不过乾隆也不能不管，他下达了命令命兆惠等人抓紧抓拿阿睦尔撒纳，定于转过年来进军南疆。
乾隆二十三年在确认阿睦尔撒纳死在俄罗斯并且得到了其尸后。腾出手来的乾隆皇帝终于可以派人处理大小和卓兄弟了，于是他下谕征讨大小和卓。
清朝大军集结奔向南疆，霍集占准备充足，再加上清军劳师远征指挥无方，只是先头部队大败，乾隆帝闻讯大怒，随即将一直在北疆作战的兆惠派往南疆指挥作战。
在兆惠的指挥下，霍集占多次战败，只能多次出逃逃到叶尔羌城，并与波罗尼都汇合，兵打一家。
兆惠兵少，和霍集占兄弟进入僵持阶段，经过多方较量，清兵被围困，就在这个时候，乾隆派了富德统兵前来增援
得到增援的清兵经过和和卓兄弟的激战，和卓兄弟大败而逃，并且因为众叛亲离和清军占据上风，霍集占兄弟甚至联络浩罕国企图借助外援，不过浩罕国并没有回信。
浩罕国没有回复，清军却一再进攻，霍集占兄弟一见只得带着家人等部族向西逃窜，清军则没有放松继续追击，最后逃窜到了巴达克山。