唐朝开国初期，经历了轰动一时的大事件，李世民在长安城发起了一场史上较为著名的变革即玄武门大变动，在反抗隋朝的斗争中，李氏兄弟相处比较和睦，战斗时配合也算默契。当唐朝建立后，东宫主人李建成心知肚明其战功不及其二弟李世民，在军队中的威望也差之千里，心中特别不是个滋味，担心二弟李世民取代他的地位，便心生歹意，和三弟李元吉一起商议着怎么把李世民给除掉，多次在朝堂上排挤，私底下还在李渊面前诬陷李世民。没过多久李渊也禅让君主之位。
秦王李世民经历过大小斗争，练就了不凡的定力。说到他最为惊险的斗争并非发生在战场之上，而是玄武门变革。为什么这么说呢，在以前李世民领兵出去斗争，若是发生了不幸意外失败了还能回到李渊身边，但是这次的玄武门变革倘若是失败了，便只有亡命天涯了。故对待这次变革，李世民亲信将领全部出动，介时，秦琼和尉迟恭两位大将也是参与其中，尉迟恭在玄武门进行斗争的时候，秦琼又在何处呢。
有许多人猜想，秦琼和李靖等一样并没有参与玄武门变革，可是这依据是什么。仅凭其位列24功臣的最后状况么，还是说在李世民最需要他站出来的时候，没能像尉迟恭一样首当其冲吗？其实这些个说法并没有很大说服力，完全是在捏造事实。秦琼自然是参与了玄武门变更，事实上其承担的责任远远比尉迟恭要大得多，其做了两件事，更是承担了两分责任，远远超过尉迟恭急先锋的角色。
依据史书中记载，长孙无忌、秦叔宝、尉迟敬德等人都是参与了玄武门除去李元吉、李建成的斗争之中，从这份名单上看秦琼是必定参与在内的，那么大家忍不住会有疑问，此时的秦琼去了哪，实际上，玄武门变革不仅仅是发生在玄武门一处，还存在着三个地方同时进行，可谓是计划周全。
李世民和大将尉迟恭率领不多的人马在临湖殿附近进行等候，等待目标的出现，同时在这里伺机射杀经过的二人，最终李建成和李元吉也是命陨此地。玄武门则是战斗发生最为激烈的地方，李建成的手下想要对其实施救援必须先将玄武门攻破才可进入。此时，坐镇玄武门的大将则是张公瑾，他可是李世民的忠诚追随者，在事先谋划变革的过程中，李世民曾想过先占卜预测一下是吉还是凶，张公瑾便劝说道，如果结局不好就不发动了吗，无疑给李世民吃了一颗定心丸。
接下来便是秦王府，原来秦琼坐镇在秦王府，作为大本营的存在必定是重中之重，尉迟恭追随李世民打先锋，秦琼自然是稳坐大本营，负责保全后方，自然还充当一个角色哪里需要支援就去哪里补。事实证明，在进攻玄武门受挫时，李建成的手下的确企图对秦王府发动袭击。等到玄武门战况激烈时，秦琼便出现在玄武门，一旦李世民和尉迟恭失败，秦琼可带领李世民撤退或者发动二次攻击，正可谓是进可攻，退可守。
李世民和尉迟恭在伏击时便下了死手，因这次伏击成功与否决定这次变革的成功关键，在李世民身边人手也不多。得知玄武门发生变革后，李建成的人马迅速集结来到玄武门准备破城而入，等到秦琼的援军赶来时，李建成和李元吉已经成功被除去。玄武门危机因此解除。
在危机解除后，尉迟恭才敢去恐吓李渊，得到其旨意后，才算是玄武门变革真正的胜利。纵观事件发展的全过程，秦琼表现十分突出，不仅在照顾后方上有一定方法，还能在情况紧急时挺身而出，正所谓功不可没。