但血迹总在时光中一点点被冲淡，对当时朱棣当皇帝的合法性质疑也一点点在冲淡，因此朝廷对建文君臣的看法悄悄地发生改变。先是英宗复辟后，想到自己被弟弟景帝囚禁的滋味，将心比心，释放了建文帝的儿子建庶人，由于长期与世隔绝，这位龙子凤孙分不清猪牛。但这只是人道主义关怀，对“靖难”的政治定性，都得小心翼翼回避，不能涉及。可是，有一个尴尬的现实是，方孝孺的人仍这样然蒙冤，似乎在向整天喊忠孝的文臣们昭示一个简单的道理：向胜利者低头，不要对失败者愚忠，造反只要成功就有天然的合法性。——这个结对朱棣以后的每个皇帝来说，解不开就有后遗症。比如武宗正德皇帝荒唐异常，不把祖宗江山当回事，野心勃勃的宁王朱宸濠在南昌造反，理由和当年朱棣相同，真是有样学样。如果不是王阳明及时剿灭，宁王真的坐了江山，谁敢说他是篡位呢?
到了万历帝时，距朱棣篡位已经近两百年了，皇帝这把龙椅，当年是骗来的，是抢来的还是合法继承来的，已经不重要了，时间让不合法变成了合法。这有点像一个人占有某份本不属于自己的财产，长期无人提出异议，最后相关民事法律认可他对该财产的所有权。帝国已进入暮年，当政者最大的希望是利益格局稳定下去不被人打破。此时，就得大力提倡方孝孺对建文帝的赤胆忠心，也需要一再强调曾被自己祖先朱棣破坏的程序法。也就是说，当年自己的老祖宗造反有理，现在造反有罪。如此，为方孝孺等建文朝忠臣平反并修纪念碑，既是一种政治需要，而且时机也成熟，对政局不会有负面影响。
万历帝本人对建文帝非常感兴趣，他登基后多次问张居正建文帝最终下落，是不是真的去当和尚了。而且让张居正将一首传为建文所写的七律抄录进呈。诗中说道：“沦落江湖数十秋，归来白发已盈头。乾坤有恨家何在，江汉无情水自流。”万历和建文性格有些相似，优柔寡断而文才出众，这大约也是为建文忠臣平反的一个原因，但不是主要原因，主要原因是政治需要。而恢复被朱棣削夺的建文年号，追谥建文为惠宗，也就是说恢复历史的本来面目，承认建文是合法的皇帝，彻底了解这一历史公案，则推迟到崇祯年间，离明亡没几年了。
张怡评论朱棣对待建文忠臣的家属 “惨动天地”，“以见烈皇帝(崇祯)殉社稷，死事寥寥，非无故也。”当年祖先那样对待方孝孺们，现在自己到了山穷水尽的地步，却希望臣子们都学方孝孺，世上哪有这样的好事。
