九月初二日，围城清军采取挖城竖梯战术，从舟山城西面突破明军防御，蜂拥入城。刘世勋、张名扬、马泰率领部下将士英勇巷战，力尽阵亡，舟山城失陷。明鲁监国正妃陈氏等投井而死，西宫妃荣氏和世子留哥被清军俘获；大学士张肯堂、礼部尚书吴钟峦、兵部尚书李向中、工部尚书朱永祐、通政使郑遵俭、兵科给事中董志宁、兵部职方司郎中朱养时等都自杀殉国。清军入城后，大肆屠杀，定海被杀军民达1800余人，定海几成空城。该役史称“辛卯之役”。
清军在1651年攻占舟山后，留军戍守，结果被郑成功大批海师包围。顺治十二年（1655）十月廿二，甘辉、王秀奇部郑军进抵舟山，次日围城；张名振部也从崇明一带沙洲南下参加会攻舟山战役。廿六，据守舟山城的清军副将把成功反正来归。明军收复了舟山群岛。顺治十三年（1656）八月廿二，清宁海大将军宜尔德、提督田雄指挥满汉兵再次进攻舟山。明将阮骏等率领舟师迎战。到廿六，清军全力来攻；阮骏伤重而死，总制陈六御、总兵张洪德、张晋爵、李廷选、阮凯、姜英等阵亡，残余明军乘船逃往外洋。次日，清军在舟山登陆，占领群岛。为了防止明军重来以舟山为基地，清方文武官员商议后决定把该岛城郭房屋全部拆毁，将居民赶回大陆。
