1856年9月，天京城内正酝酿着一股强烈的血雨腥风。
北王韦昌辉带着三千多人拿着洪秀全密诏，从城南破门而入，他迅速指挥包抄东王杨秀清的住所，没来得及反应，杨秀清人头落地，其家眷全部被杀，一时之间，血流成河，开启了王杀王的序幕，也在根本上改变了清朝与之对决的形势。
从1853年定都南京后，洪秀全就深居不出，军政大权都交给了杨秀清，此后洪秀全只顾享乐，而东王则越来越专擅，野心也越来越大。
在此之前，杨秀清前面有萧朝贵和冯云山，但此后两人都死了，于是杨秀清地位越发凸显出来，在一次科举时，还出题“四海之内有东王” 可见，杨秀清确实不甘心在天王之下。
当东王发明了“天父下凡”后，他甚至可以以“天父”口气让洪秀全不但跪听训斥，还要打他四十大板，众人哭着求告“天父”后，杨秀清才罢手。
不久，杨秀清再度故伎重演，以“天父下凡”，宣布自己“继治天下，佐理万国之事。”他的官邸对联更是表明：“参拜天父，永为我父，护卫东王，早作人王。”的野心。自此以后，洪秀全只能把杨秀清当真“天王”对待，还发下诏书：“爷降凡间圣旨，朕尽读过记清清。故此认爷能不错，爷哥带朕宰太平。”
此后，杨秀清降“天王附体”这一法宝发挥到了极致，即使是洪秀全二哥洪仁达他也经常接天父之名说打就打，北王韦昌辉和翼王石达开，每当看到杨秀清表演“天父下凡”时，都吓得跪在地上不敢出声，以至于汗流满面，生怕借天父之名把自己杀掉。
但是洪秀全毕竟不是大白给，他不能看着自己创立的“天国”让给了杨秀清，虽然面对经常批评自己的“天父下凡”的杨秀清表示：“自今以后，凡事定与兄弟相商而行之。”
因此他找机会杀掉杨秀清的决心已定，由于洪秀全深知杨秀清对韦昌辉动辄打骂，所以他才要找韦昌辉除掉杨秀清，最后再把他当作替罪羊杀掉，堪称洪秀全的局中局。洪秀全利用韦昌辉杀掉杨秀清，很快就把韦昌辉抛出来，最直接的原因是石达开已经发兵问罪。
老奸巨猾的洪秀全接报，心中着实害怕石达开手下的精兵良物他忙派人当众谴责韦昌辉：“ 尔我非东王不至此，我本无杀他之意，而今已拿戮之(东王)，其下属何辜，又尽杀之，应念天父好生之心，以宽纵为宜。”洪秀全忽然变脸，下诏诛杀韦昌辉。从前被人当枪使， 现在又要被杀，气急败坏的韦昌辉两眼冒火，率手下三千人扑向天王府。天王府的府墙比当时南京城墙还要厚坚，即使手中有火炮，韦昌一时也攻不下来。
此时韦昌辉又杀了石达开家人，导致石达开出走，而洪秀全再度把韦昌辉抛出来，成了这次内讧的最大赢家，但是从根本上来说，作为太平军的天王，他的实力从此彻底削弱，因此注定走向衰弱是不可避免的了。
“天京事变”之后，对太平军最大的影响，就是“太平天国”从精神上丧失了昔日的“神灵性”和“正统性”。所以，百姓们私下传说：“天父杀东王，江山打不通。长毛非正主，依旧让咸丰。”
太平军士兵很迷惘，“上帝”怎么会容许这种事情发生？“天父杀天兄，总归场空。打包回家转，还是做长工。”再笃信“拜上帝教”的人，也会产生疑问：代“天父”传言的东王，怎会被“天父”另一个儿子北王杀掉？而“真主”天王，又怎能把北王五马分尸？为了挽救信仰危机，洪秀全对东王杨秀清作了一系列“追封”，封东王为“传天父上主皇上帝真神真圣旨”，并作诗“深情”呼唤：七月念七东升节，天国代代莫相忘，顺便也把北王追封，好像什么事都没发生一样。