万历作为皇帝是奇葩，为废长立幼的事，和文官集团斗了一辈子，甚至后来不理朝政达数十年之久。后来发生的明朝三大奇案，也与此不无关系。所以，后人认为，明朝实际灭亡在万历手中，透过历史的雾霾，我认为，这话是有一定道理的。万历梦寐以求地要立福王为太子，遭到了生身母亲李太后的强烈反对。而万历能当皇帝，与李太后的坚决支持戚戚相关。有一次万历理屈词穷时，口不择言：“长子出身卑贱乃宫女所生”，李太后寸言不让，立即还击：“你也是宫女生的，我也出身卑贱“。
再就是皇长子继承帝位是朱元璋定下的规定。万历就是这个规定的受益者。所谓的“嫡庶之别”“长幼之分”在历朝历代都是大事。万历在这件事情上确是有些很为难。再有一个可能就是万历原本就不想立福王立太子，如果万历真想立福王。只要万历以皇后无出的名义废掉皇后。立郑贵妃为皇后，立福王也不是一件难事，这应该是万历以此打压文官集团的一种的手段，只不过到后来有些玩过了弄崩了。争国本”事件持续长达15年，在此期间，无数大臣被贬斥。到最后已经不是太子争，而是“权力”的争夺。
保皇派的观点是，万历皇帝立谁为太子，是万历皇帝的家事,由皇帝个人做主即可，文武百官并不具备参与权利，立长派的大臣却认为，太子是国家的未来和前途，废长立幼有为封建礼法，稍有不慎，可能动摇国之根本，则导致天下大乱，一开始的万历皇帝对这些，跟自己唱反调的立长派非常反感，但是久而久之万历皇帝也实在是疲于应付，在这之中，顾宪成成为了立长派的领军人物，，顾宪成是出了名的清正严明，从不趋炎附势，溜须拍马，绝对称得上是清流中的清流，不过对于这种认死理的大臣万历皇帝也感到非常的无奈，本来前途一片大好的顾宪成也因为继承人之争被免职劝退回了老家。
万历皇帝28年不上朝的原因，其中一个就是文武百官们不允许他立自己喜欢的女人郑贵妃之子为太子。