然而这段合并历史并没有持续多久，1640年，由于西葡合并过程中产生的矛盾变得越来越不可调和，葡萄牙人发起了复国战争，经过28年的努力，终于在1668年又一次脱离西班牙取得独立。
分多合少，西班牙为何没能彻底吞并葡萄牙？
中国历史上也没少经历“分分合合”，但中国的分与合，在时间上是大体对等的，甚至合的时间还要更长久一点，所以一直到今天，中国仍然能够维持大一统。然而西班牙和葡萄牙的“合”，在历史上，尤其是近千年来，则只是一段小小的插曲，所以西班牙根本没资格对着葡萄牙说“自古以来”。
从两次继承危机后西班牙人的干预结果来看，葡萄牙能否维持独立，就看人民的意志，只要人民不愿意被西班牙统治，葡萄牙就不会沦为西班牙的一部分。这主要是因为在历史上，葡萄牙和西班牙的国力差距并不大。
造成这种现象的原因主要有两个：一是西班牙统一较晚，单凭卡斯蒂利亚王国的实力，无法在冷兵器时代实现对葡萄牙的吞并；二是葡萄牙率先受益于地理大发现，一度成为世界头号强国。
如果这两个因素都不存在，那么今天的葡萄牙是否还能维持独立的身份，就很难说了，或许大不列颠岛上的苏格兰，就是它今天的归宿吧。不过随着欧盟一体化的推进，葡萄牙和西班牙又以另一种方式逐渐融合在了一起，今天的两国边境，形同虚设，合并不合并，仿佛也没多少的差别了。
