元至正二十八年（1368）正月四日，朱元璋在应天（今南京）即皇帝位，定国号为“大明”，建元洪武，立马氏为皇后，朱标为太子，以李善长，徐达为左右丞相，设官分职，封赏文武百官，开始了明王朝的统治。
“六朝古都”南京作为当时长江流域第一城市，坐镇江南多风流，远接边疆北域少霸气。
洪武二年，朱元璋鉴于历代地方割据及宋元皇室孤立的教训，诏定诸王国邑与官制，大封诸子，屏藩王室。
从洪武三年起，朱元璋先后分封25个儿子和一个从孙为王。其中如秦王樉，燕王棣，晋王㭎，宁王权授兵权，驻北方，节制沿边，防御蒙古。另一部分驻内地，如齐王榑，鲁王檀等，监视地方官吏。
为避免权臣擅政，明太祖规定，诸王诸子有移文朝廷索取奸臣，和兵清君侧的权力。也怕诸子权力过大，申明“惟列爵而不临民，分藩而不锡土”，即分官爵，不分割土地。以保持自己子嗣，血统天下。
另外，江，浙，闽，粤不封，维持中央。明时江浙一带，国家财富来源，京畿重地。闽粤则地远险恶，避免不受控制，鞭长莫及。不像现在粤闽地区不逊江浙一带，京津地区。
明太祖封藩诸子诸王，是对古代制度的继承，对明初加强皇权起了一定作用。但是，诸王子拥兵自重，在“自己的地盘我做主”，为所欲为且行为不法，“枝强中干”，作为南京鞭长莫及，恐藩地合围之势。
洪武二十四年，皇太子朱标受朱元璋之命巡视陕西。太子朱标此次去陕西，主要为了勘探陕西地形，解决朱元璋定都之事。
朱元璋是在应天称帝的，可是都城一直未正式确立下来，仍在考虑之中。洪武二年，当汴梁改为北京，陕西平定，北方诸县相继攻取以后，定都何处之事又再次被列为议事日程。长安险固难攻，洛阳位置适中，而临濠又是朱元璋的故乡，这三个地方都有作为都城的理由。朱元璋在反反复复斟酌权衡之后，终于下定决心，于十一年正式确定应天为都城。尽管如此，由于西北的边患，元的侵扰，朱元璋又想起了长安，洛阳地理位置的险固和适中的优越性，于是便命太子朱标巡视陕西山西河南等地。以确定是否以长安为都城？
太子奉命前行，回来献上陕西地图，不幸染病，他在家中还屡次提出关于建都的建议。洪武二十五年，太子抱病而终，迁都长安之事搁置。这一个历史转折，在于太子“疫病”，若不然太子继承皇帝迁都长安，屯兵燕京的朱棣便不敢造次，有以后的“靖难之役”！作一句打油诗“二十五年太子殁，二十五子多变幻。”
从这个环节看，明朝的江山可以说成南京和北京到底哪个城市适合做都城?如果太子朱标不死，迁都长安，没朱棣什么事。可惜的是，因为“疫病”！话说回来，疫病事大，哪个时代都要重视。
后来的历史证明，明成祖朱棣“迁都北京”是明智之举。从此坐定“高瞻祁见祐，厚载翊常由，慈和怡伯仲，简靖迪先猷。”这一支江山。
永乐十八年十一月，北京宫殿即将告成，钦天监奏第二年五月一日为吉日，应御新殿受朝贺。朱棣决定迁都北京，诏示天下，并遣户部夏原吉奉命昭皇太子及皇太孙，限期十二月底到北京。后又下诏，从次年正月起，将应天改为南京。北京为京师，设六部。另铸南京诸衙门信印，加“南京”。南京二字沿用至今1420年起已经600年。
北京宫殿、郊殿的大规模营造是在永乐十四年朱棣决定迁都之后开始的，经过四年的修建终于完成，改建的皇城比原城东移一里有余，完全同于金陵旧制，只比其雄阔。