李世民为什么要杀秦琼呢？因为他早年四处站队，先投李密再投王世充最后投奔李渊？显然不是这个原因，毕竟程咬金等人也是如此，身处乱世，良禽择木而栖，贤臣择主而侍是很普遍的事情，没有什么对错之分。
秦琼在李世民一生最关键的玄武门之变时没有露脸？显然这应该是秦琼最应该被杀的原因，毕竟作为李世民手中的大将，尉迟敬德等人发光发亮，而秦琼却连最起码的露个面都没有做到，这是不合适的，会直接冲击李世民的内心，将其定性为摇摆派，杀了秦琼看上去理所应当。
但是如果我们细细品味玄武门之变就会发现，虽然秦琼在此次事件中没有立下什么功劳，起到的作用还是相当大的。
秦琼作为李世民的马军总管，匹马长枪所向无敌，是李建成和李元吉十分忌惮的角色，也是斩杀李世民最大的阻碍，如果秦琼出现在李世民的身边，玄武门之变很有可能就不会发生，或者说失去了突然性，因为知道秦琼出现在李世民的身边，李建成和李元吉二人总是会多加防备的。
所以说，即使是秦琼排在了凌烟阁24功臣中的最后一位，也不存在与李世民杀他的理由，之所以排名如此之底的原因在于，秦琼早年的战绩都是在武德年间完成的，而进入贞观年间之后，由于身体有样，被李世民留在了长安城，没有让其继续统兵作战，失去了作战立功的机会，同时秦琼过早的离世也是其位置偏低的原因之一。
