清代是中国流行疾疫多发的时期，仅《清史稿》记载，自顺治元年（1644）到同治十一年（1872）的228年中，即发生较大的疫情300次（《清史稿》卷40《灾异一》）。在对疾疫的应对中，清代并未形成制度性的规制，仅有约定俗成的惯例，有一定规律可循。本文仅就清王朝最高统治当局对疾疫的应对，作一点初步梳理。
首先，各地出现疫情，原则上必须及时上报中央。
清初以降，清廷亟于了解、掌控地方实际情况，逐渐形成、完善了秘密奏事的奏折制度，而地方官员因公出差或赴外地上任，按惯例须将沿途地方的天气、农业收成、物价及当地官员的官声等情况，及时奏报给皇帝。在任的地方官员，当然也须将所在地方情况上报中央。在这一类报告中，各地疫情是重要内容之一。很多时候，这种报告制度，成为官员的基本职责，即康熙帝所说的，“督抚为地方大吏，凡水旱灾伤及疾疫之处，即应据实陈奏，屡有明旨”。（《清圣祖仁皇帝实录》）有时候，官员遇疫不报，朝廷也会下旨查问，如康熙四十八年（1709）九月，谕令查问江南与浙江两地，“今年两省疾疫盛行，人民伤毙甚众。虽该省督抚未经奏闻，而朕访知灾病之状，深用恻然”。乾隆元年（1736），下旨查问陕西灾疫，“又闻陕省亦不为大收之年，而且年疫盛行，汝等何无一言奏及耶。将此谕与查郎阿、刘于义并观之”。（《清高宗纯皇帝实录》）
疫病奏报形成惯例，清代文献中此类报告数量很大。甘肃巡抚报告雍正六年（1728）五月西宁等地“因雨水稍觉愆（qiān）期，疫疠流行，兵民皆有传染。臣仰体皇上敬天勤民之至意，随行令布政使率同文武官弁，虔诚祈雨，一面配合太乙避瘟丹，广行施济。臣又配合祛疫丹茶，在宁分发。各营弁兵凡有传染者，三五日即皆痊愈”。（《朱批谕旨》卷49，《朱批莽古立奏折》）很多时候，不仅百姓疫情要上报，与生产密切相关的牛畜疫情也是报告的内容。如乾隆三年三月，“四川巡抚硕色奏，四川牛疫，请酌借仓谷，为买牛之需。得旨，知道了。牛疫之灾，川省每有，当思何以消弥方好”。
应当提到的是，疫情上报在清代只是惯例而不是或者不完全是一种制度，因而隐匿或忽视、不上报疫情的官员，有人会受到惩治，也有人未受到惩处。康熙四十八年九月，“安徽巡抚刘光美，于地方灾伤，隐匿不报，应照溺职例革职。得旨，刘光美着降五级调用。”而许多隐匿疫情的官员并未受到惩治。
其二，疫情多发时期或季节，清廷往往会检查刑狱。顺治时即有此类检查刑狱的情况，到康熙时形成惯例。康熙七年，云南道御史黄敬玑奏称雨水不济，应当清理刑狱：“刑狱一节，上关天心。自今春徂(cú)夏，雨泽愆期，则清理刑狱，诚第一要务也。请敕内外问刑衙门，凡一应刑名，早为审结。除狱中重囚照旧监锢外，其余一切情轻罪薄及牵连等犯，即行保释。务令狱无冤滞，则和气可以致祥。”并引顺治时成例为依据，“又查，世祖章皇帝时，曾有热审之例，原虑暑天狱囚易致疫毙，故减等速结。今当此亢旸，尤宜举行，以答天心”。所奏立即得到批准，康熙帝立即清理刑狱，同时下令将此做法推广至各省。这种做法为清代历朝遵循，也成为清代的常态。如嘉庆二十三年(1818)，云南建水等地发生监狱囚犯死亡五十一人事件，下令“该督抚务饬该州县官，督率夫役埽除秽恶，散给药饵。上紧清理，人命至重。不可稍有怠忽。至该管狱官，查明并无凌虐情弊，俱着免其开参”。（《清仁宗睿皇帝实录》）直到同治时期，清军与太平军已激战十数年，天灾人祸并行，严重的瘟疫导致战争影响地区人口锐减，下令顺天府、步军统领衙门和刑部等立即减等审结各案，“前因京师时疫未除，谕令在京问刑各衙门，赶紧清厘庶狱，迅速次第结案。现在星变频仍，上苍垂儆，弥灾之法，尤重恤刑。允宜格外推恩，以承天戒”。（光绪《大清会典事例》）
其三，关注军队疫情，有时也会由中央直接采取措施进行防治，并赏恤因疫而亡的将士。
军队是国家统治的柱石，而战争环境残酷，在旧时医疗条件下，战争双方极力征战，也极易引发疾疫。有的时候，朝廷也会直接派出医务人员赴军中控制疫情。康熙二十年八月谕，“闻云南官兵疾疫甚多，彼地苦无良医，其令太医院医官胡养龙、王元佐驰驿前往调治”。有时军方将领甚至也会直接向皇帝开口讨取药物，以保证军队的战斗力。乾隆五年，带兵进剿湖南城步少数民族地区的将领直接向乾隆帝讨取药物，“再乾隆元年贵州古州之役，皇上赏赐官兵平安丸，治山岚时气甚效。今适当暑月，恐有时疫。仰恳赏赐，以备不虞”。对于军中因疫而亡的官兵，中央政府允许按照阵亡条件予以赏恤，“其有因瘴身故者，均着奏闻，照阵亡例交部赏恤”。