历来，关于秦叔宝有没有参与玄武门之变，一直是有争议的。因为两唐书的记载本就有矛盾之处，而且很多人认为秦叔宝在凌烟阁二十四功臣中排在最末的原因就是秦叔宝没有参加玄武门之变，所以不受李世民待见，但四姑娘认为秦叔宝是参加了玄武门之变的，只是并没有跟随李世民进入玄武门伏击李建成和李元吉而已。
史书记载，参加玄武门之变的人数也是不确定的，甚至都有谁参加了也统一不起来，而且大部分人我们根本不知道他在政变之中做了什么。但我们依然可以从两唐书中寻找到秦叔宝参与玄武门之变的蛛丝马迹。
《旧唐书·太宗本纪》中记载当时李世民带着12人在玄武门诛杀了二李，其中就有秦叔宝，但到了《长孙无忌传》中则是加上李世民共有11人进入玄武门，而且这两中记载的人选也不尽相同，这里就没有秦叔宝和程知节，有一个可能就是秦叔宝并没与进入玄武门，他的任务很可能在别处，因为在《秦叔宝传》中的记载明显是说秦叔宝参与了玄武门之变的，记载很短，只有几个字“六月初四，从诛建成、元吉。”再就是《长孙顺德传》中也有相关记载：“与秦叔宝等讨建成余党于玄武门。”也就是说当时长孙顺德和秦叔宝是在外围处理李建成和李元吉的余党。
《新唐书》中只有《秦叔宝传》中有相关记载：“及平隐、巢，功拜……”
所以，从上面的记载中可以看出，秦叔宝是参与了玄武门之变的，只是没有长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦等的功劳大而已。秦叔宝自619年降唐后就一直在秦王府任职，从最开始的马军总管到后来的秦王府右三统军，再到后来的天策府成员。秦叔宝一直跟随李世民平定天下，并且在军中一直是先锋，也是玄甲军的统领之一。自然，玄武门之变少不了秦叔宝的身影。
玄武门之变后，秦叔宝因功封为左武卫大将军（正三品），食实封是700户。实际上这个封赏已经充分说明秦叔宝参与玄武门之变了。当然秦叔宝也确实在凌烟阁二十四功臣中排在最末。关于凌烟阁二十四功臣的排序问题，四姑娘之前专门写过，这里略微一提，实际上，这份功臣画像并不是严格按照功绩来排名的，只能说大体上是按照功绩的，还有就是跟当时（643年）他们的官职有关系。
因为凌烟阁二十四功臣并不是在贞观初期设立的，而是在贞观十七年的太平盛世，这个时候考虑的并不仅仅是开国功臣，还有参与玄武门之变的功臣以及治世功臣。综合这几个方面选出了24名功臣，然后又综合考虑他们的功绩以及在643年的官职，来定下了这个排名次序。
我们知道，秦叔宝在贞观时期的存在感是很低的，在李世民登基大封功臣后，秦叔宝基本就从史书上消失了，那么他在做什么呢，实际上他多数时间是在养病，也就是处在半退休阶段。再没有出征过，官职也基本没有变动，一直到他638年去世。所以他能在凌烟阁中占有一席之地，已经是很不错的了。