朱棣
朱棣迁都北京后，对历代帝王的祭祀要么传制由南京太常寺担任，要么安排在故宫的文华殿，或是北京的郊坛，这种局势一向继续了百余年。可对热衷于礼制变革的嘉靖皇帝来说，南京历代帝王庙悠远，不方便前往亲祭，在北京郊坛祭祀历代帝王，又不行正式；再加上他自嘉靖九年（1530）起将本来的六合合祀改为六合分祀，于圜丘（天坛）从祀天神，方丘（地坛）从祀地祇，而历代帝王属人鬼，与天神、地祇不搭，又不能与风云、雷雨、五岳等列为一类。左思右想，明世宗爽性命令仿效南京祖先之制，在国都北京择地建筑新的历代帝王庙，地点选在阜成门内大街的保安寺原址，庙制根本照搬，仅仅历代帝王的塑像被神牌所替代。嘉靖十一年（1532）夏，北京历代帝王庙建成，八月，嘉靖帝亲临致祭，动身前一天还不忘去太庙奉告诸位先祖，历代帝王庙换地了，尔后对历代帝王的祭祀于北京历代帝王庙进行，南京历代帝王庙在清代被完全毁弃后，北京历代帝王庙成为全国绝版。
景德崇圣殿内供奉的夏商帝王的神位
据明末清初孙承泽《春明梦余录》记载，北京历代帝王庙由景德崇圣殿、东西两配殿、东西燎炉、祭器库、景德门、神厨、神库、宰牲亭、钟楼、庙街东西景德牌坊、下马牌等组成。景德崇圣殿为正殿，殿内60根巨柱，由金丝楠木制成，这种木材，到清代已简直绝种，比较南京历代帝王庙正殿的单檐庑殿顶，北京历代帝王庙正殿的房顶款式升至第一流——重檐庑殿顶；房顶上的黑琉璃瓦绿剪边，则要到乾隆二十七年（1762）补葺时才被黄琉璃瓦所替代。
历代帝王庙前两座下马碑
照理说，老祖先朱元璋定下的规则，不得容易更改。可偏偏有人对元世祖忽必烈有定见。早在北京历代帝王庙建筑时，翰林院的姚涞就宣布过《论元世祖不妥与古帝王同祀疏》，被礼部以“宜遵旧制 ，庙祀如故”驳回。十多年后，时过境迁，当礼部右给事中陈棐于嘉靖二十四年（1545）再次申论元世祖不妥入祀帝王庙时，嘉靖帝不吝违反祖制，将元世祖神牌及从祀的5位元代名臣牌位同时拿下。如此180度大转变天然与嘉靖朝愈演愈烈的蒙古边患有关，用陈棐的话说，已然在庙中祭祀胡虏之君元世祖 ，为什么还要反抗他们的侵犯？已然崇祀元世祖的神位 ，为什么还要阻挠与他们的往来？因此陈棐坚词以请，以为只要罢祀元世祖，才干“诏谕国内，必有发舒华夏之气……士气既奋则兵威自扬”。很显然，双方态势并没有按陈棐和嘉靖帝所想的那样开展。嘉靖二十九年（1550），蒙古领袖俺答汗率军从大同边塞一路攻入古北口，十万火急，武力要求明朝政府敞开边贸，史称“庚戌之变”。明朝不得不敞开宣府、大同等地与蒙古进行马匹买卖，全国上下，处处弥漫着一股仇视蒙古的心情。最受“苦虏之扰”的嘉靖帝到了晚年，每写“夷狄”字必极小，凡诏旨及章疏均是如此，足见其讨厌程度。元世祖的“缺席”，恰是嘉靖年间对外方针的真实写照。