康熙年间，吴三桂发起了“三藩暴乱”。1673年十一月21日，吴三桂叛于昆明，杀云南巡抚朱国治，率军往北进发，贵州巡抚曹贞吉、提督李本深屈服，云贵总督甘文焜殉节。叛军抵达四川，巡抚罗森率众屈服。1679年1月，吴三桂军抵湖广辰州，分配将领向常德、體陵进发。在吴三桂举起叛旗短短两个月内，西南诸地官员望风而降的官员为数不少。后其实力在贵州、四川、湖广敏捷扩张。
1674年2月18日，广西定南王女婿孙延龄适应吴三桂，派兵进攻广东、江西；紧接着3月15日，靖南王耿精忠反叛，派将领耿继善、曾养性、白显忠率军进江西、浙江，大清帝国南边全面危殆。但是北方也不安静，蒙古察哈尔部布尔尼乘京城空无发起暴乱，东南有台湾的郑锦派戎行打扰东南滨海厦门、潭州、潮州，并乘机进攻闽浙。南边大部为敌所跟，北方被王辅臣等人所扰，还有不断的当地起义，康熙帝面临着清朝树立以来最大的危机。
吴三桂造反的音讯传到北京，震动大清朝野。康熙皇帝为了稳定形势，除了中止撤藩这一举动外，还不断派出戎行到前哨参加平叛战役。1673年十二月28日，由前锋统领硕仿带领的榜首队平叛官兵从京师动身。仅1674年一年，康熙皇帝就派出了五路戎行别离前往荆州、岳州、江西、浙江、陕西。京城的八旗军敏捷被抽调一空，远至盛京、乌拉、宁古塔的满洲戎行也纷繁开赴前哨。康熙帝回绝向吴三桂示弱，派两路兵进军湖南直面吴三桂主力。在浙江的康亲王杰书、固山贝子傅喇塔在两年在内克复浙江进军，1676年十月耿精忠降于福州。
广东的平南王尚之信于1676年举起叛旗承受吴三桂的封号。只是过了一年多，尚之信就致书简亲王喇布，恳求屈服朝廷，里应外合，保固广东。康熙皇帝宽恕了他的罪行，仍将其封为平南王，带领藩下戎行和平南将军赖塔一同克复广东。在尚之信投诚后，朝廷下诏让其率军进军湖南帮忙简亲王布，尚之信迟迟未至。1680年，朝廷派三路军由广西进定云南，尚之信拖言有疾，仍未遵令。在陕西和湖广的清军却面临着反常困难的战役。陕西的定西大将军董额在进军四川时遭受提督王辅臣拥兵暴乱，保宁前哨转饱不继退回汉中。
朝廷在平王辅臣之乱形成的乱局就耗时两年多。而入川之路被吴三桂部下老将王屏藩所占，清军直到1680年才进军四川。王辅臣的反叛带动了三边形势的不稳，清朝又花费两年的时刻才平定了陕西的暴乱。岳州是吴三桂湖南防地的重要一环，他在岳州镇以重兵，吴应麒占有岳州，拥水陆两军、坚船利炮占有岳州。清军用了五年时刻才克复岳州。康熙十八年清军敏捷平定了湖南，分两路进军云南，北路军由定远平寇大将军贝子彰泰带领经由贵州进军；南路有平南大将军赖塔带领从广西进定云南。
1681年赵良栋、彰泰、赖塔三路军会师云南，霸占云南省会，吴世墦自己上吊。彰泰又遣兵克复云南各地。1681年十月云南平定，历时八年的三藩之乱完毕。