于是，赵南起就找到时任中央军委副主席的杨尚昆，把这件事的来龙去脉做了详细的说明。
杨尚昆听完后，对他说：
“你和弟弟的分离是历史原因造成的，也是没有办法的事情，你做得对，当个人感情与组织纪律发生矛盾的时候，应该是组织纪律至上，不能有半点疏忽。你所采取的措施，我看很得体，完全符合组织原则，你不要背包袱。”
赵南起非常感动，但为了证明自己的清白，也为了给大家一个交代，就坚持请求军委派人去调查这件事，杨尚昆也同意了。
这件事时隔不远，人证、物证都在，保存得很完好，很多人也都可以为他作证，因此，调查起来很容易，很快就推翻了那封举报信的内容，还了赵南起的清白。
1987年11月21日，赵南起正式晋升为总后勤部部长，并被任命为中央军委委员。
1988年9月14日，赵南起被授予上将军衔，跟洪学智、秦基伟、张震、尤太忠、李德生等人并列。
2000年4月，赵南起率队访问韩国，时隔60年后终于重新回到了自己出生的地方，不禁百感交集。
韩国人也知道他的身份，就邀请他叶落归根，回韩国居住，但赵南起婉言谢绝了，说：
“是中国培养了我，我就是中国人，我愿意在中国住一辈子。”
2018年6月17日，赵南起上将病逝，享年91岁。
