元至正十六年（公元1356年）三月，朱元璋率军攻占集庆路，下令改为应天府。
同年七月，朱元璋被诸将奉为吴国公，设置江南行中书省，自总省事。
不论是人口数量，还是地域面积，应天府都远超朱元璋以前攻占的城池，朱元璋的管理智慧受到前所未有的考验。
为了管理好所占领的区域，使之有序运行，朱元璋设置了包括行政、司法、军事在内的一整套统治机构。
营田司便是此时设置的。
值得一提的是，李善长、宋思颜被任命为参议，冯国用为帐前总制亲兵都指挥使；这两个官职是以前没有过的，属于朱元璋的创新。可见，朱元璋在设立机构、安排官职时， 并不拘泥于龙凤政权当时的规制，而是根据实际需要灵活安排。
可想而知，营田司的设置也是出于实际需要。那么，营田司是什么机构？具体负责哪些事务呢？
元至正十八年（公元1358年）二月，康茂才被任命为营田使，朱元璋是这样对他说的：“比因兵乱，堤防颓圮，民废耕耨，故设营田司，以修筑堤防，专掌水利。”（《明太祖实录》）
朱元璋渡江之初的筹粮方式造成百姓负担过重，而占领区的巩固，离不开百姓的支持，百姓心生不满，会令后方不稳。
只有恢复、发展农业生产，才能从从根本上解决粮食供应问题，改善百姓生活。
元末连年战乱，农田堤坝遭到破环，水利工程是防御洪涝灾害，保护农业生产的基础设施。
郑国渠、都江堰、京杭大运河、灵渠、白渠等都是我国古代著名的水利工程。
水利是农业的命脉，而水利设施的修筑需要花费大量人力物力，百姓修不起。
为了发展农业生产，朱元璋设立营田司，以修筑堤防，专掌水利。