早在顺治十年（1653），清廷始置“宁古塔昂邦章京”一人。
康熙元年（1662）改称为“镇守宁古塔等处将军”，简称“宁古塔将军”，宁古塔昂邦章京沙尔虎达之子巴海为首任。
康熙十五年（1676），奉旨移驻吉林乌拉（又称“船厂”，今吉林市）。
从雍正十三年（1735）至乾隆二十二年（1757），宁古塔将军、吉林将军、船厂将军三个名称经常混用。
乾隆二十二年（1757），正式更名为“镇守吉林乌拉等处将军”，简称“吉林将军”。
光绪三十三年（1907），吉林将军裁撤。改吉林将军为吉林巡抚，兼副都统，仍驻吉林府。
吉林将军之下分设吉林、宁古塔、三姓、伯都讷、阿勒楚喀五个副都统和珲春专城驻防。
各地副都统的职责是：各守分地，以赞将军之治。吉林副都统与吉林将军同城驻防，辖协领9员、佐领48员、防御22员、骁骑校48员、八旗驻防兵3000余名。
宁古塔副都统升任吉林将军的例子有2例：康熙三十五年（1696）的沙纳海，雍正八年（1730）的常德。
乾隆二十二年（1757），“宁古塔将军”正式更名为“镇守吉林等地方将军”，简称“吉林将军”。
吉林省建置时未能称“省”，是因为清代东北地区是满族的发祥地，由八旗驻防，采取的是“军府制”。
而关内中原不同，清政权在明朝政权的基础上，采用“行省制”，即建立了18个行省。
受关内行省制的影响，大约这一年起，吉林将军在给清廷的文件中代称自辖区域为“吉省”，清廷各衙门给吉林的咨文中也约定俗成地称“吉省”。
光绪三十三年（1907年），随着清政府对东北地区管理体制和地方官制的改革，设立吉林省。
吉林将军退出历史舞台。