吕不韦到底是不是秦始皇的生父，这个争议之所以存在两千多年，其根源来自于司马迁在《秦始皇本纪》和《吕不韦列传》中不同的记载。与此同时，秦始皇生母赵姬原来吕不韦歌姬的身份，以及后来两人之间的私情，更是让这个争议变得扑朔迷离。那么，吕不韦到底是不是秦始皇的亲生父亲呢？大概率不是。
关于秦始皇生父之谜，根源在于司马迁的记载冲突
被誉为“史家之绝唱，无韵之《离骚》”的《史记》，在正史中的地位极高，但也正因如此，由于司马迁在《秦始皇本纪》和《吕不韦列传》中不同的记载，导致秦始皇的身世变得扑朔迷离。
《史记·秦始皇本纪》开篇便写道：“秦始皇帝者，秦庄襄王子也。庄襄王为秦质子于赵，见吕不韦姬，悦而取之，生始皇”。从这段记载来看，司马迁根本没有怀疑秦始皇的身世，很明确的记载秦始皇乃秦庄襄王之子。然而到了《史记·吕不韦列传》，司马迁却写道：“吕不韦取邯郸诸姬绝好善舞者与居，知有身。子楚从不韦饮，见而说之，因起为寿，请之。吕不韦怒，念业已破家为子楚，欲以钓奇，乃遂献其姬。姬自匿有身，至大期时，生子政。”
如上所述，秦始皇的身世之谜流传了两千多年，根源便在于司马迁在《史记》中不同的记载，再加上赵姬与吕不韦之间混乱的关系，导致吕不韦是秦始皇生父之说一度甚嚣尘上。不过，秦始皇应当是异人之子无疑，主要有以下几点原因。
原因之一：《史记》记载虽然不同，但“本纪”可信度高于“列传”
为何同一件事，在《史记》之中却出现不同的记载，其实最主要还是源于司马迁的严谨。由于司马迁撰写《史记》之时，史料来源极为庞杂，加上距离某些历史事件时间太过久远，即使司马迁也难以分辨其中真伪。
司马迁
现代普遍认为，司马迁为了确保史料的完整性，遂将自己认为最可信的史料，用于“本纪”和“表”的撰述，而将可信度较低的说法，则保留在了列传之中，甚至将互相矛盾的史料并列于一处，留下让人思考和回味的隐语。
其实仔细翻阅《史记》，便不难发现一个有趣的特点，“本纪”中的叙述大多为陈述历史事件，重点突出对历史事件的记载；而“列传”之中的记载则丰富了很多，大量穿插着人物对话和事件细节描述，读之仿佛让人身临其境一般。
我们反过来思考，由于先秦史料的丢失，很多历史事件的原貌已经很难完全还原，尤其是很多私密性很强的对话，以司马迁一个后世人来说，更是难以得知，因此其中免不了文学创作。
吕不韦
正如秦始皇的身世，《秦始皇本纪》中只是对其身世做了陈述，而《吕不韦列传》则较为丰富地还原了当时的场景，事实上吕不韦当时是否真的发怒，后世的司马迁怎么可能知道。不过，这些坊间的传闻趣事，尽管可信度较低，但删去又未免可惜，因而司马迁便用隐喻和矛盾的笔法，以遗闻轶事的形式将不同来源的史料保存了下来。
如上，“本纪”记载的可信度无疑要比“列传”高很多，而当“本纪”和“列传”记载出现冲突时，通常采用“本纪”的记载，而“列传”的说法则更多为趣谈。
原因之二：“列传”记载不合常理，而汉朝前无人怀疑其身世
受“宗法制”影响，古人对于血统问题极为重视，尤其是王位传承这种大事，根本容不得半点马虎。如果秦始皇的血统真的存在问题，哪怕是有一丝可疑之处，其即位的可能性都几乎为零。
如果真如《史记·吕不韦列传》所载，赵姬“至大期时，生子政”，那么秦始皇的血统便存在着巨大疑点。“期”古音为“jī”，指一周年或指妇女足月分娩的日期。我们分别来分析：
“期”指一周年：即赵姬嫁给异人一周年后生下嬴政，如果赵姬真的在嫁给异人之前便已经怀孕，那么她的妊娠期将达十二个月以上。而现代医学表明，女性足月妊娠约为280天（40周），即使时间较长，也不过44周，即十个月左右。当然，超过这个时间的并非没有，只是概率极小，难道赵姬真的是那极少数之一吗？