打压了徐州的起义军后，同年十一月，脱脱命令江浙行省右丞帖里帖木儿统兵征讨方国珍。由于元朝的海运被方国珍阻绝，十二月，脱脱奏请元顺帝同意在京畿近地，“召募江南人播种”（《元史·本纪·顺帝》）。
江浙行省都事刘基以为应严惩方国珍。方国珍传闻后非常惧怕，花重金贿赂刘基没成功，又急速派人到大都游说、受贿。方国珍为什么如此慌张、惧怕呢？或许他意识到脱脱下一个要抵挡的方针很或许便是自己了。
元至正十三年（公元1353年）正月，方国珍再次屈服。三月，元廷令江浙行省左丞帖里帖木儿、江南行台侍御史左答纳失里前去招谕方国珍。元朝尽管接受了方国珍的屈服，却要求他闭幕部众、交出船舶。
不过恰在此时，另一个人成功招引了脱脱的注意力。元至正十三年（公元1353年）五月，张士诚在泰州起义，很快霸占高邮，并在高邮自称诚王，国号大周。
“张士诚起兵泰州，袭据高邮，截南北路”（《庚申外史》）。
第二年六月，张士诚霸占江北重镇扬州。
扬州坐落长江与南北运河的交汇处，江南的税粮经运河解送京师，扬州是必经之地，元朝的运河漕运再次被堵塞。
元至正十四年（公元1354年）九月，脱脱亲率百万大军班师高邮，把高邮像铁桶相同团团围住。
就在张士诚快要顶不住的时分，戏剧性的一幕呈现了。元顺帝相信毁谤，一纸诏书削夺了脱脱兵权，元朝“兵机不振从此始，赋税之耗从此始”（《元史·列传·脱脱》）。
元至正十六年（公元1356年）二月，张士诚霸占平江路。三月，方国珍又一次屈服元朝，被封为海道运粮漕运万户，第二年升为江浙参政，元廷令其攻击张士诚。
元朝这一次接受方国珍屈服，不只颁发了方国珍更高的官职，并且也不再提令方国珍闭幕部众、交出船舶等事。
脱脱身后，元朝对各地此伏彼起的农民起义越来越无能为力，对方国珍也只是以加官进爵的方法撮合使用。
