方国珍和元军的第一次对战，赢得颇有些走运。元至正八年（公元1348年）十一月，江浙参政朵儿只班受命征讨方国珍，战胜被擒。依据《元史·泰不华传》的记载，朵儿只班率水师追击方国珍，一向追到了福州五虎门，方国珍见事态危殆，命令烧船以便于逃跑，可是元军见状却自乱阵脚，方国珍趁乱制胜。
方国珍尽管打赢了，却钳制朵儿只班代其向元朝请降，元朝接受了方国珍的屈服，封他为定海尉，条件是闭幕部众。不过，方国珍并未闭幕部队。
其时元末大规模农民起义没有迸发，方国珍的实力也处于开始发展阶段，假使其时元朝继续出兵，方国珍很有或许招架不住。不过尔后很长一段时间内，元朝好像顾不上方国珍，并未对方国珍动武。这种状况一向继续到元至正十年（公元1350年）十二月，方国珍进攻温州。
那么在此期间，元朝产生了什么事呢？统领百官的中书省右丞相产生了改变。
中书省前丞相脱脱奉诏回到京师，并于元至正八年（公元1348年）四月，被元顺帝任命为太傅。第二年七月，“朵儿只、和平皆罢相”（《元史·列传·脱脱》）；闰七月，脱脱升为中书省左丞相。元至正十年（公元1350年）四月，脱脱再次出任中书省右丞相。
脱脱复相后，国库空无、黄河水患等非常扎手的难题亟待处理，无暇他顾。
为处理国库空无的问题，元至正十年(公元1350年)十一月，脱脱实施变钞，成果失利。
黄河水患是怎样产生的呢？元至正四年(公元1344年)五月，天降大雨，连下二十多天，黄河暴溢，平地水深约二丈，河水向北冲决白茅堤，六月又在金堤决口，沿河郡邑遭受水灾。元朝拿不出有用的应对办法，水势不断北浸。
元至正八年(公元1348年)正月，黄河再次决口，济宁路被淹。
至正九年十二月，漕运史贾鲁向朝廷提出二十多条主张，八条被采用，疏浚运河是其中之一。不久，水势北北侵安山，沿入会通、运河，“既而河水北侵安山，沦入运河”（《元史·列传·贾鲁》。
“河决白茅堤，又决金堤，方数千里，民被其患，五年不能塞。脱脱用贾鲁计，请塞之”（《元史·列传·脱脱》）。
元朝南北运河流经黄河的骨干，黄河决口众多，严重影响了运河的漕运。
元朝时，由于自然灾害和多年战乱的影响，北方的经济不如南边兴旺，每年大约一半的税收金银，约非常之四的粮食来自江浙行省。自北宋靖康之变至元朝树立，北方的经济饱尝战役的损坏。
在古代，粮食等大宗物资的运送首要依托水运。
我国的天然河流大多是从西向东流入大海，要完成物资从南向北的水上运送，除了海运，只能开凿运河。元朝时的南北运河衔接海河、黄河、淮河、长江、钱塘江五大水系。海河这个姓名最早呈现于明末，元朝时被称为直沽河、大沽河。
元朝定都大都，而江浙行省的治所设在杭州路，南北运河的运送方向是从杭州到大都（今北京）。
元至正十一年（公元1351年）四月，贾鲁受命管理黄河；九月，船舶康复通航。
“七月疏凿成，八月决水故河，九月舟楫通行，十一月水土工毕，诸扫诸堤成。河乃复故道，南汇于淮，又东入于海”（《元史·志·河渠》）。
不过，运河运送易受气候改变的影响，常因天旱水浅、河道淤塞等原因难以通航。为了战胜运河运送的缺乏，确保京师的物资供应，元朝逐步拓荒海上通道。所以，元朝的漕运是海运、运河并行的。
元至正十一年（公元1351年）五月，刘福通等人率众占据颍州，元末大规模农民起义迸发，各地贫穷大众纷繁呼应。八月，芝麻李、彭大、赵君用等人占据徐州。
南北运河与黄河在徐州交汇，起义军占据徐州，切断了运河漕运对元大都的物资供应。
在所派元将均班师不利的状况下，元至正十二年（公元1351年）七月，脱脱亲身领兵，去徐州打压起义。八月，脱脱攻破徐州，命令屠城，“脱脱复徐州，屠其城”（《元史·本纪·顺帝》）。