嘉庆对他很是器重，在1804年纪晓岚八十生日，皇帝还专门派员颁赐珍品，亲友故吏齐聚一堂，为之祝寿。而到了1805年，嘉庆皇帝又封其为协办大学士、加太子少保，这也是官阶最高的职位。纪晓岚也算是熬出头了，不过他并没有来得及享用。清史稿说到，纪晓岚在二月十四日就由于自己的哮喘病发生，而病逝于京城的住所傍边，享年81岁。
而嘉庆帝为此沉痛不已，特别恩赐白金500治丧，还亲自作祭文以及碑铭，由于纪晓岚“敏而好学可为文,授之以政无不达”，颁发了他“文达”的封号。嘉庆对待和珅和纪晓岚两人的情绪，可以说是天差地别，形成了明显的比照，当然其间既包含了个人感情上的喜恶，除去和珅关于嘉庆来说，也是一种政治性的需求。结局也是让人唏嘘。
