杨乃武被判死之后，其胞姐杨淑英和当地士绅屡次上诉，历时两年之久，但均因刘锡彤的上下疏通和当地上下官员的官官相护而失利。
杨家进京告状得以昭雪，一百多名官员被牵连
眼看在当地现已昭雪无望，在浙江士绅的支持下，杨乃武的姐姐杨淑英来到狱中让杨乃武写了冤状，冒死赴京，滚钉板状告浙江上下官员。再加上其时《申报》的报导此案登时颤动朝野，朝廷所以下旨令刑部重审此案。
所以，杨乃武、小白菜、证人，包含装殓葛品连的棺材悉数被押解到北京。而在这次审问过程中，两个要害点的呈现，促进了案子的反转：
其一：杨乃武是否购买砒霜。尽管此刻艾仁堂药店的店东钱坦现已逝世，但杨家却供给了其时杨乃武去余姚他岳母家就事，底子不在余杭县的依据。所以，杨乃武购买毒药之说被推翻。
其二：葛品连是否为中毒身亡。在对葛品连进行从头开棺验尸后，发现葛品连并非中毒身亡，而是死于疾病。
已然杨乃武没有购买毒药，而葛品连也并非死于中毒，这件冤案天然也就不存在了，杨乃武和小白菜所以被无罪释放，不过杨乃武却已是一身伤残，连举人功名也无法康复，只得回家承继父业，以种桑养蚕为生，终究于1914年9月因疮疽不治身死。小白菜出狱后则到准提庵落发为尼，法名慧定，诵经念佛、种菜养猪为生，终究于1930年逝世。
此案审结之后，接下来的重头戏就是对各级官员的处置，而这里边其实又触及到了朝廷为冲击湘军实力的问题，杨乃武案不过是个托言罢了。因平定太平天国之功，许多湘军军官都在江南任职，而这些人许多都曾是大字不识的大老粗，这也是形成冤案的一大原因，再加上从前的袍泽之情，又很简单抱成一团。
所以，杨乃武案等于给了朝廷一个冲击湘军实力的时机，慈禧太后为此连下懿旨，余杭县令刘锡彤被发配黑龙江，仵作沈祥以及其他相关人等30多位官员被除名、放逐或查处，浙江巡抚杨昌浚、浙江学政胡瑞澜、杭州知府陈鲁一干官员150余位，悉数被清除官职，永不选用。
