周幽王、厉王今后，王道式微，礼乐损坏，孔子研讨、收拾旧有的文献典籍，复兴被抛弃了的王道和礼乐。收拾《诗》、《书》，作品《春秋》，直到今日，学者们仍以此为规律。从鲁哀公获麟到现在四百多年了，其间由于诸侯吞并混战，史书丢散、记载中止。
现在汉朝鼓起，国内一致，贤明的君主，忠义的臣子的业绩，我作为太史而不予谈论记载，中止了国家的前史文献，对此我感到十分不安，你可要记在心里啊!”司马迁低下头流着泪说：“小子尽管不聪敏，可是必定把父亲编纂前史的方案悉数完结，不敢有一点点的缺漏。”
私淑古今贤
由于在长安任职，又缝“汉之得人，于兹为盛”的汉武盛世，司马迁得以结识会聚于长安的全国贤达之士。包含贾谊之孙贾嘉，公孙季功(或为公孙弘)，樊哙之孙樊他广，平原君朱建之子，冯唐之子冯遂，田叔少子田仁，梁人壶遂，杜陵苏建等。但是，对司马迁影响最大的莫过于董仲舒与孔安国。
司马迁与上大夫壶遂评论文学之时曾说过：“我听董生说：‘周朝王道衰落废弛，孔子担任鲁国司寇，诸侯害他，卿大夫阻遏他。孔子知道自己的定见不被采用，政治建议无法实施，便褒贬鉴定二百四十二年间的对错，作为全国评判对错的规范，贬低压制无道的皇帝，呵斥为非的诸侯，声讨乱政的大夫，为使国家政事灵通罢了’”。
而纵观《史记》可知董仲舒之公羊学对司马迁的影响首要为：其一，公羊家表扬汤武革命，建议以有道伐无道，成为《史记》反暴政的思维根底;其二，公羊家"尊王攘夷"，建议"大一统"的思维，成为《史记》贯串全书的首要观念;其三，公羊家崇让、尚耻之义是《史记》褒贬前史人物的品德规范。
因孔安国为孔子后人，家中有当世失逸的《古文尚书》十余篇，并兼通今古文学。故而司马迁亦尝就《古文尚书》问故于孔安国，学习古文经学的故训，以及别择古文材料的古文学，把握考信前史的办法。而《古文尚书》作为整个古文学的中心，司马迁写上古三代史亦从中作了很多的引证。
司马迁曾在《史记·孔子世家》给给予孔子“高山仰止，景行行止。”的高度赞扬。其亦吸收孔子学说和六艺经传的精华，效法孔子精力，继《春秋》作《史记》，完结一代大典。
评论改历
汉武帝太初元年(前104年)，汉朝自树立以来现已102年了。汉室树立之初，诸事草创，大部分都沿用了秦朝的制造。历规律采用了较为靠近的《颛顼历》。尽管如此，《颛顼历》对朔、晦的核算亦与实际状况相异。所以时任太史令的司马迁和大中大夫公孙卿以及壶遂等人向汉武帝进言说：“《颛顼历》现已不适合现·在的状况了，因该从头定制历法。”。而御史大夫儿宽刚好懂得经学，汉武帝便指令儿宽去与众博士协商修正历法等工作。并于同年，指令公孙卿、壶遂、司马迁、侍郎尊、大典星射姓等人评论定制《汉历》。
遭受腐刑
汉武帝天汉二年(前99年)，武帝想让李陵为出酒泉击匈奴右贤王的贰师将军李广利护卫辎重。李陵谢绝，并自请步卒五千涉单于庭以寡击众，武帝欣赏李陵的勇气并容许了他。但是，李陵行至浚稽山时却遭受匈奴单于之兵，路博德援兵不到，匈奴之兵却越聚越多，粮尽矢绝之后，李陵终究降敌。
武帝愤恨，群臣皆声讨李陵的罪行，唯有司马迁说：“李陵服侍亲人贡献，与士人有信，一贯怀着报国之心。他只领了五千步卒，招引了匈奴悉数的力气，杀敌一万多，尽管战胜降敌，其功能够抵过，我看李陵并非诚心降敌，他是活下来想找时机报答汉朝的。”
但是，跟着公孙敖迎李陵未功，谎称李陵为匈奴练兵以期反击汉朝之后，武帝族了李陵家，而司马迁也以“欲沮贰师，为陵游说”被定为诬罔罪名。诬罔之罪为大不敬之罪，按律当斩。
面临大辟之刑，慕义而死，虽名节可保，然书未成，名未立，这一死如九牛亡一毛，与蝼蚁之死无异。想到文王拘于囚室而推演《周易》，仲尼困厄之时作品《春秋》，屈原放逐才赋有《离骚》，左丘失明乃有《国语》，孙膑遭膑脚之刑后修兵书，吕不韦被贬属地才有《吕氏春秋》传世，韩非被囚秦国，作《说难》和《孤愤》，《诗》三百篇，大约都是贤士圣人宣泄愤激而作。
