赤眉军的主要成员都是失去土地的贫民，他们虽然拥立刘盆子做皇帝，却根本没有建立一个完整而巩固的政权的能力，进入长安城后更是重蹈更始帝的覆辙，将领内讧，士卒抢掠，搞得一团糟。下面小编就为大家带来详细的介绍，一起来看看吧!
长安及其附近地区的豪强、地主们只得联合起来，建筑坞堡自保，以对抗赤眉军。赤眉数十万大军很快就消耗光了城中的粮草，于是放一把火烧光了宫室建筑，大肆劫掠一番后西向流蹿。刘秀部将邓禹趁机攻入长安。
这位声威煊赫的邓大将军，在与赤眉军的作战中，一直败多胜少。建武二年(26)九月，樊崇等将引兵东归，再次打败邓禹，收复了长安城。于是光武帝刘秀派冯异入关去代替邓禹指挥战斗，临行前告诫他说：“征伐的重点不在于攻城略地，而在于安定百姓，聚集流亡。”
正赶上关中地区当年度收成很差，闹起了大饥荒，赤眉军想要东归家乡去找粮食，被光武帝派将驻守新安(今河南渑池东)、宜阳(今河南宜阳西)等城，阻断了他们的去路。冯异即率主力于赤眉军在华阴(今陕西华阴)对战，连续60多天，打了数十场仗，逐渐扳回了上风。
第二年(27)正月，冯异挑选勇士，身穿赤眉军的衣服在崤底(即崤山，在今河南渑池、洛宁两县间)埋伏，双方决战时突然杀出，赤眉军不辨敌我，大败亏输。残兵逃往宜阳，光武帝亲统大军严阵以待，赤眉军进退无路，刘盆子、樊崇等只得奉上传国玉玺，请求投降——玉玺原本在王莽手中，绿林军杀王莽，把玉玺奉献给了更始帝，后来赤眉军又从更始帝手里抢了过来，最后落入了光武帝的囊中。
消灭赤眉军，巩固了关中、河南地区以后，面对四方的各大割据势力，光武帝采取了先定关东，后取陇右的策略。建武三年(27)十一月，他询问熟悉陇西情况的太中大夫来歙，如果自己用兵于东，要怎样防备来自西方的进攻?来歙提出联陇制蜀之策，即联合陇西的隗嚣，牵制四川的公孙述。于是光武帝就派来歙出使陇西。
隗嚣对于联合汉朝还是联合公孙述的问题，一直犹豫不决。建武四年(28)十月，他派绥德将军马援出使成都。因为遭到公孙述的冷遇，马援回到天水后，大骂说：“子阳(公孙述的表字)井底蛙耳，而妄自尊大，不如专意东方。”于是隗嚣再派马援出使洛阳。光武帝倾心接纳，趁机收服了马援，要他促成隗嚣联汉攻蜀。同年十一月，公孙述派兵北出陈仓(今陕西宝鸡)，进攻关中，隗嚣出兵助汉，将其击退。
西面暂时稳定下来了，光武帝遂得以致力于关东地区的征伐，第一个目标是刘永。刘永是西汉梁孝王的八世孙，受更始帝封为梁王，随即就在睢阳称皇帝。他控制着豫东、皖北地区，同时和青州的张步、苏北的董宪、庐江的李宪等势力结成军事联盟，兵力雄厚。建武二年(28)夏，光武帝派大将盖延攻陷了刘永的首都睢阳，刘永逃到湖陵(今山东鲁台东南)。然而不久以后，睢阳百姓赶跑了汉军，欢迎刘永归来。
建武三年(27)二月，刘永封董宪为海西王，封张步为齐王，以共同抵抗来自洛阳的进攻。四月，汉将吴汉等进攻刘永部将苏茂驻守的广乐(今河南虞城)，刘永派周建率十余万人往救，被吴汉击败，从此一蹶不振。七月，汉军再围睢阳，刘永出走，途中被部将庆吾刺杀，苏茂、周建奉刘永的儿子刘纡为主，去帝号，仍称梁王。
攻击刘永势力的同时，光武帝还任命岑彭为征南大将军，率8将军，共9万人，进攻割据淯阳(今河南新野北)的邓奉和在堵乡(今河南方城)起兵的董诉，取胜后趁机南下进攻秦丰占领的黎丘(今湖北宜城西北)和田戎占领的津倻(今湖北沙市)，顺次扫平。另派邓禹进攻武当(今湖北均县西北)的延岑。田戎和延岑在失败后都逃往四川，投奔了公孙述。
建武五年(29)八月，吴汉攻克郯城(今山东郯城)，斩杀刘纡，苏茂逃去齐地。同年十月，耿弇用围城打援之计斩杀张步大将费野，又用声东击西之计攻克临淄，张步无路可逃，就杀死苏茂，投降了汉军。