不过，一般来说，官府总是在仓储所在地就地处理那些积年陈米，只要没有朽坏，就出粜给百姓。《户部则例》中关于仓储管理有许多规定，粮食在什么样的情况下应该或不应该起运；要避免粮食在仓底积压霉烂，应该或不应该采取什么方法。
粮食的腐朽霉烂显然是经常发生的事，因为仓廒管理人员为了省事，可以把本应留贮的最新的粮食发放给那些前来领取俸米兵米的官员和军官，从而达不到出陈易新的目的。要想估计这种浪费的程度显然是不可能的。
因此，剩余漕粮的最普通的利用方法就是，或留在征纳地区，或运往那些交通便利的其他省份（例如资料中再三提到的福建）。在那些地方，这些粮食或用于平抑粮价，或用于赈济。
图5：清朝漕运示意图
清朝漕粮的“截留”制度：半途截留漕粮，也是清朝的赈灾方式之一
"截留"为征纳地区所省下的粮食数额，要远大于京仓那边的相应的减少额。因为除了应运往京城的额征数，有漕粮任务的地区还必须支付各种额外开支（附加税），如征收过程中的各种费用，以及运河运输的全程所需费用。后者不仅包括运夫的工资，还包括补偿途中必然会发生的缺损（如丢失、霉烂）的备用粮食。
欣顿的表中列出了1829年的数字，其中包括了各种额外加征的具体项目，根据这些数字，每石额征漕粮的额外加征平均为粮食0.59石，银0.23两。假定1两银等于1石粮，则额外加征相当于额征粮的82%。也就是说，减免1石漕粮（这个数字也就是京城仓储"缺失"的数量）就相当于解除了纳税者1.82石粮食的负担。
图6：清朝漕运示意图
进一步讲，按照全汉昇和克劳斯的估计，假定在额外费用中，40%是用于征收和从产区到运河之间的运输过程，60%（即大约0.5石）是用于运河上的运输和从运河到北京的运输过程。结果是，如果漕粮征集"之后"（包括额外加征）被截留在南方，那么，北京每"减少"1石粮食，南方就会省下大约1.5石（1石定额数加上0.5石运河上的运输费用）。
尽管我们这里所作的是最粗略的估计（百姓所支付的加征量"实际上"是不确定的，是经常变化的），但很明显的是，地理位置越是往南移动，在应征数额与纳税者所缴纳的实际数额（包括运输费用）之间，以及应征数额与半途截留可以用于救灾的数额之间的差距就越大。
问题在于，仓储设施就建在直隶，可以在需要时随时加以利用，而除了直隶，其他地方并不总是能够及时利用漕粮进行赈济。漕粮在秋后开始征收交兑，到冬末才起运北行。因此，并不是全年什么时候都可以利用漕粮的，不管是在当地，还是附近地区。
图7：清朝漕运示意图
例如，如果灾害是发生在夏季，就必须在漕粮到达之前，首先采取其他救济形式，因为这时漕粮还没有征收呢。而当春末青黄不接，粮价上涨，需要粮食平粜的时候，也存在同样的情况，因为这时漕粮已经起程运往京城了。
以上所提到的资料显示，在1690年—1800年这个时期里，清朝政府经常利用漕粮来平抑物价，进行赈济，或建立备用仓储，常常是一年接着一年。多数时候，漕粮是在起运前截留在征收的本省，如果是用于直隶赈济，就留在通州（有时直接截留在运河沿途地方）。
偶尔，也会将漕粮截留在征收省份之外的地区，但这种情况很少，我所发现的只有10个例子，都是在1710年—1748年间。一般来说，是将漕粮就地留用，或是全部运往本省内的其他受灾地区。
图8：清朝漕运示意图
至于截留的漕粮数量，1740年代似乎是个转折点。大量截留开始越来越频繁地出现，这一趋势可能既反映了救荒制度的更有效率、更为慷慨，也反映了漕粮生产的发展。直到这个时期，我们才发现了更多的一年截用50万石以上的实例。
