清代文官的行政监督，主要是上级对下级负有监督的职责，既包括同一机构上级官员对下级官员的监察，也包括上级机构对下级机构的监督。
地方官的监察
在地方，从州、县到督抚，上下级隶属关系十分清晰，监督层次也非常明确，上级对下级、长官对属员的各种“作奸犯科”行为，必须及时揭参，否则视同城与否等情节分别以私罪或公罪加以处分。
属员有不法行为，主管上司失察不揭露，被督抚查出先行参奏，同城知府、直隶州知州降两级调用，司、道降一级留任；如果主管的上司与其不同城，处分就相对较轻，知府、直隶州知州降一级留任，司、道官员则罚俸一年；如果到任不足一月，则免于处罚。正因为同城与不同城的处分有区别，上级官员对同城下属的管理自然就比较严格。
督抚在题参奏疏中，需要将监察失职的官员与作奸犯科的官员是否同城加以报告，并说明到任与犯案时间，以便作出公正裁决。如果是为了给监察不力的官员开脱责任而报告不实，所有转达报告的官员全部降两级调用。
此外，督抚向吏部弹劾不法官员时，应将未能揭发之司、道、府、州有关人员一起弹劾，否则，罚俸一年。如果地方官的不法行为没能及时发现，等到朝廷监察官员发现问题并弹劾后，督抚照有关司道官员议处，徇私舞弊者降三级调用。
属员有不法行为如果已经被告发或者弹劾，主管必须立刻题参，否则，均以私罪从重处罚：
“属员贪婪经督、抚、两司饬查或士民告发，该管之司、道、府、州任不揭报者，应无论同城不同城，均照徇庇例降三级调用——《钦定六部处分则例》”
督抚不仅因不纠察下属所犯个案而受处分，如果其下属犯案数量多，也要承担表率不良的责任。
总督、巡抚相互监督
总督和巡抚是地方最高领导，他们的行为对下面的各级官员有直接示范作用，对朝廷政令的贯彻有重要意义，但能够弹劾他们的人并不多。为了防止督抚缺乏监督而割据一方，大清律例规定他们之间有相互纠参的义务，否则都以私罪论处：
“总督贪婪，巡抚不行纠参，巡抚贪婪，总督不行纠参，发觉审实，无论同城不同城俱降三级调用，藩、臬等官免议——《钦定六部处分则例》”
虽有如此规定，但在实际操作中，督抚关系十分微妙。
理论上讲，巡抚并不隶属总督，而且也有专折奏事之权，但品级要比总督低一级，对总督的弹劾多少会给人以下犯上的感觉，特别是督抚同城的情况下，由总督掌控全局，巡抚往往有心无力，因而很少有巡抚真的敢弹劾总督。乾隆时期，云南巡抚郭一裕弹劾云贵总督恒文向民间采购黄金时压低金价并趁机将差价中饱私囊，此事震惊朝野。乾隆得知后，派刘统勋调查案情，恒文被赐自尽，郭一裕也被查出有问题，但因举报有功，从轻发落为革职充军。
总督弹劾巡抚的情形，也并不多见。总督虽是辖区最高长官，但在通讯不便的情况下，总督的权力范围通常仅限于总督府所在省，其他省还是以巡抚作为最高长官。比如，广西巡抚之于两广总督，江西巡抚之于两江总督，就有相对独立的权力，总督一般不会轻易弹劾。同城督抚虽然不和，但总督为了维持表面的和气，一般也不会弹劾巡抚。况且，总督品级虽高于巡抚，但具体实力就不一定，而是由个人的背景所决定。
朝廷各部门的内部监督
在朝廷，各部门之间没有直接隶属关系，其行政监察主要是部门内部堂官对司员，司员对笔贴式的监督。
司员有徇私舞弊者，堂官查出之后必须参奏，司员将会被革职；如果徇私包庇，堂官将会被革职，并交部议罪。
各部门笔贴式因工作态度散漫而导致公文积压者，司员必须加以弹劾，将笔贴式革职；倘若知情不报，司员将被罚俸一年。