噶尔丹策零侦查到这一情况后，决定袭击科舍图的清军。雍正八年十月,噶尔丹策零派宰桑方马木特率兵2万,乘清军不备突然袭击科舍图。查廪得知准噶尔军前来袭击,竟笑着说:“鼠盗之军,不久自散”,因而按兵不动，估计喝大了。结果清军的马、驼遭到劫掠, 查廪竟然弃军逃跑。 后来经过总兵樊廷、副将冶大雄等率军2000追击,总兵张元佐等又带兵驰援，经过7个昼夜的苦战，才夺回大部分马和骆驼。这一仗让清军损失了大量的物资，也让战神岳钟琪颜面扫地。 雍正不再信任岳钟琪。
雍正九年四月，大将军傅尔丹向雍正报奏，科布多是联系外蒙和准噶尔的咽喉要道，请求在这里筑城，得到批准。清军开始在科布多筑城。
蒙古军队擅长野战，但不适合打攻城战。攻城要有大炮、云梯、抛石机、撞门车等装备，这正是蒙古骑兵欠缺的，所以噶尔丹策零决定避己之短，挥己之长，把清军引出来，在野外决战。
噶尔丹策零派塔苏尔海丹巴作间谍，故意让守卡清军抓获，然后给清军交待准噶尔军的情报：噶尔丹策零发兵3万，派大策零敦多布、小策零敦多布分别率领，来犯北路。现在小策零敦多布已经到了察罕哈达，而大策零敦多布因为其他原因还没到。
傅尔丹听了这个消息后，决定乘敌人没有集中的时候，一举歼灭。由于立功心切，没有多想，选了精兵数万人，沿着科布多河西前进。素图、岱豪为前锋，定寿等领第一队，马尔萨等领第二队，傅尔丹率大兵跟在后面。
六月初九日，定寿率领的第一队前进到扎克赛河，又抓获准噶尔巡逻兵，巡逻兵交待此处离察罕哈达仅3天路程，准噶尔兵不超过千人，还没扎营。傅尔丹命令全军连夜前进，但找了几天，并没有见到敌人。
十七日，清军又抓获一名准噶尔兵，说有2000准噶尔军队驻扎在博克托岭。于是傅尔丹派遣素图、岱豪率领3000人前往攻击。准噶尔军队假装失败，引诱清军进入博克托岭。
这时候准噶尔的主力2万已经埋伏在山上，磨刀霍霍，准备大开杀戒。
十九日，傅尔丹的主力大军赶到，和前锋会合。二十日，清军追敌进入博克托岭，完美地钻进了噶尔丹策零设下的圈套。刹那间，伏兵四起，杀声震天，准噶尔军队占据四面高地向下冲击。傅尔丹仓促应战，安排塔尔岱、马尔齐督兵攻夺西山制高点，准军据险防守，清军仰攻不利，没能攻下。
傅尔丹知道全军处境危险，有被噶军包饺子的可能，决定向和通泊突围。傅尔丹将全军分成5队：定寿、素图、觉罗海兰、常禄、西弥赖据山梁东；塔尔岱、马尔齐据山梁西；承保居中，马尔萨出其东；达福、岱豪当前，舒楞额、沙津达赖等护后。二十一日，清军按以上部署突围。
准噶尔军发现清军意图后，便全力进攻山梁东、西两军，这时天上又下起冰雹大雨，更给清军突围增加困难。傅尔丹派兵增援西路，命令承保增援东路，战斗到天黑，仍然没有突围出去。
二十二日，觉罗海兰突出重围，定寿、素图、马尔齐都自杀。西弥赖令索伦兵赴援，兵溃败，也自杀。东、西两队清军全军覆没。
二十三日，准噶尔军乘清军突围，立足未稳，又包围了在和通泊边水草地集结的清军大营。傅尔丹亲自督兵抵御。树红纛的科尔沁蒙古兵被攻击，树白纛的土默特蒙古兵在沙津达赖指挥下，奋力拚杀。其余清军望见白纛在敌阵中，误喊“土默特兵陷入敌阵了”!于是军中慌乱，四散溃败。
二十四日，永国、觉罗海兰、岱豪全部自杀。傅尔丹夹杂在士兵队伍中突出包围圈，率残兵渡过哈尔噶纳河，退往科布多方向。七月初一日，清军仅存2000多人退至科布多。
这一战，清军精选的精锐几乎全军覆没，17位战区司令级的高级将领中，有13位战死或自杀，损失惨重。京城八旗几乎家家戴孝，处处挂白，一片凄然。雍正平定准噶尔的雄心壮志化为泡影。
