东晋孝武帝司马曜被张贵人弑杀后，东晋朝廷再次陷入了政治斗争的旋涡中。而这次政治斗争的波及面非常大，引发了朝廷和外藩的多次战争，让东晋彻底走向灭亡。根据史书记载，这次政治斗争是从会稽王司马道子和前将军王恭之间展开的，挑起这次争斗的是司马道子的心腹中书令王国宝。王恭以诛杀王国宝为由起兵攻打建康，拉开了外藩和司马道子之间战争的序幕。虽然司马道子被迫杀王国宝息事宁人，但并没有让战争平息，反而给外藩军队得寸进尺的机会，最终导致东晋在内外交困中灭亡。
从史书的记载来分析，王恭和司马道子的矛盾实际上是司马曜和司马道子"主相相持"的延续。前文讲过，孝武帝司马曜是东晋最有权威的皇帝，他利用谢安对其的尊重和扶持收回了皇权，让东晋皇室掌控了朝廷。司马道子就是在司马曜收回皇权的过程中崛起的，他以会稽王的身份掌控朝政大权，成为了司马曜在朝中的代理人。然而淝水之战后，在司马曜和司马道子的构陷和胁迫下，谢安及其家族逐渐退出东晋朝堂，掌控朝政大权的司马道子便与司马曜发生了冲突。两人开始暗中争夺朝权，这便是史书上说的"主相相持"。
从表面上"主相相持"看是皇权与相权的斗争，斗争的主体是司马曜和司马道子，而实际上动手的都是他们背后的势力。以王恭为首的外藩势力是司马曜控制朝廷的重要抓手，他们拥有强大的军队，驻扎在青州、兖州、雍州、荆州等战略要地，遥控朝廷的重要事务。而司马道子身为王爷和宰相也有自己的班底，中书令王国宝便是其心腹，除此之外豫州刺史庾楷、谯王司马尚之等也都是他的人马。在司马曜在世时双方明争暗斗，最终司马曜占据了上风，朝廷中关键职位都安插了他的人，就连王国宝都改变阵营，形势对司马道子非常不利。
司马曜突然遇刺身亡后，东晋朝廷的权力格局大变，出现了内外相持的局面。当时皇太子司马德宗被拥立当了皇帝，这便是晋安帝。晋安帝是出了名的无能，比晋惠帝司马衷还夸张，连冷热寒暑都不知道，生活也不能自理，全靠琅琊王司马德文照顾。于是晋安帝在朝中就成了傀儡皇帝，被司马道子等大臣操控，朝政大权便落入了司马道子之手。王恭是司马曜皇后王法慧的哥哥，靠着这层关系被司马曜宠信，成为其势力中举足轻重的人物。但司马曜死后，朝权被司马道子掌控，占上风的王恭突然落入下风，于是两人的矛盾不断加深。
司马道子和他的党羽掌控朝廷大权，经营着以将康为中心的三吴之地，挟天子以令诸侯。而王恭则以国舅爷的特殊身份号令外藩，青州、兖州、雍州、徐州、荆州等地的军队都推其为盟主，对朝廷的诏令阳奉阴违。双方谁也不服谁，在东晋形成了内外相持的政治格局。
为了对付王恭，司马道子的心腹王国宝出了个主意，请求朝廷下令削减王恭的兵权，并让朝廷派人逐渐替换各地驻军的将领。这个主意顿时引发了火药桶，于是在王恭的号召下各地组成联军出兵建康，表面上的理由是诛杀奸臣王国宝，实际上是为了争夺东晋朝廷的控制权。
当时加入王恭联军的外藩将领很多，其中便有荆州刺史殷仲堪、南郡公桓玄、北府兵首领刘牢之等人，几乎集中了东晋所有的精锐军队。所以司马道子感到很恐惧，便派谯王司马尚之捕杀了王国宝和他的弟弟王绪，主动向王恭妥协。于是王恭撤兵驻守进口，这场战争在朝廷其他重臣的斡旋下才没有打起来。可是战后司马道子并没有收敛，而是派遣王国宝的弟弟王愉出任江州刺史，并从豫州刺史庾楷处分离出四个。这个操作再次引发了内外矛盾，王恭带着外藩联军又一次攻打建康，战争波及面不断扩大。