清摄政王多尔衮对此案十分重视，严令在南京总督军务的洪承畴务必要一网打尽花名册所列反清复明分子，夏完淳被列为首要通缉分子。
夏完淳得到风声，躲避在嘉善岳父钱彦林家中，后于六月底潜回松江，决定渡海至舟山鲁王处，再图大举。临行，回家拜别母亲，不幸被清当局侦获逮捕，八月初，取水道解往南京受审。
上海松江区古称云间。临行，夏完淳抱定了誓死的决心，知道此去南京必定是有去无回，怀着对山河、故乡的无限眷恋，于是就有了这首悲壮慷慨的《别云间》：
“三年羁旅客，今日又南冠。
无限山河泪，谁言天地宽。
已知泉路近，欲别故乡难。
毅魄归来日，灵旗空际看。”
铮铮清霜剑，翩翩美少年。夏完淳身长八尺，目如朗星、面如冠玉，气度雍容，面对清军毫无惧色。清军官兵见者无不暗暗称奇，一路上对他礼遇有加，并没有为难他。
夜半船过细林山，夏完淳方从清军口中得知老师陈子龙已经于几个月前投水自尽殉国。回忆起恩师对自己的悉心教导，亦师亦友的战友情感，不觉泪流满面。望着凄清的秋月，茫茫的江水，孤寂的山林，夏完淳一夜无眠，挥泪创作出了这首著名的《细林夜哭》：
“细林山上夜乌啼，细林山下秋草齐。
有客扁舟不系缆，乘风直下松江西。
却忆当年细林客，孟公四海文章伯。
昔日曾来访白云，落叶满山寻不得。
始知孟公湖海人，荒台古月水粼粼。
相逢对哭天下事，酒酣睥睨意气亲。
去岁平陵鼓声死，与公同渡吴江水；
今年梦断九峰云，旌旗犹映暮山紫。
潇洒秦庭泪已挥，仿佛聊城矢更飞。
黄鹄欲举六翮折，茫茫四海将安归？
天地跼蹐日月促，气如长虹葬鱼腹。
肠断当年国士恩，剪纸招魂为公哭。
烈皇乘云御六龙，攀髯控驭先文忠。
君臣地下会相见，泪洒阊阖生悲风。
我欲归来振羽翼，谁知一举入罗弋。
家世堪怜赵氏孤，到今竟作田横客。
呜呼！抚膺一声江云开，身在罗网且莫哀。
公乎公乎，为我筑室傍夜台，霜寒月苦行当来。”
及押至南京，洪承畴亲自审讯夏完淳，企图劝降这位早已声名远播的少年才子，以笼络江南士绅。
洪承畴，号亨九，万历四十四年进士，崇祯年间任蓟辽总督，在松锦之战被俘后投降清朝，深受皇太极礼遇。清军入关后，顺治帝、摄政王多尔衮对洪承畴更加器重，委以重任，授洪承畴太子太保、兵部尚书兼都察院右都御史、秘书院大学士。顺治二年，多尔衮任命其为招抚南方总督军务大学士，总督南方战事。
“童子何知，岂能称兵叛逆？误堕贼中耳！归顺大清当不失官，必定前途无量。”此时，坐在堂上、身着清朝一品大员官服的洪承畴面带微笑看着他说道。
夏完淳挺立不跪，斜目曰：“尔何人也？”旁边衙役叱喝：“大胆！此乃总督军务洪大人！”随后，有狱吏在其旁低声告之：“这就是大名鼎鼎的洪亨九先生。”
夏完淳听罢，故意昂首高声道：“我闻亨九先生本朝人杰，松山、杏山之战，血溅章渠。先皇帝（崇祯）震悼褒恤，感动华夷。吾常慕其忠烈，年虽少，立志杀身报国，以效仿先烈英举。”
左右差役忙告诉他洪大人还活着并没有死，那是谣传，堂上的这位“大人”正是洪承畴。不说则已，夏完淳仰天哈哈大笑，指着洪承畴声色俱厉地骂道：“亨九先生死王事已久，天下莫不闻之，曾经御祭七坛，天子亲临，泪满龙颜，群臣呜咽。汝何等逆贼丑类，恬不知耻！敢伪托其名，以污忠魄！猴冠虏服虏帽冒允堂堂亨九先生，实狗贼耳！”
洪承畴此时已面如土色、神沮气夺，无辞以对，只得摆手退堂。随后即下令将夏完淳一干人等全部处斩，不再审问。
自古忠义不能两全，国之将灭，何以恋家！对于已有身孕的新婚妻子钱秦篆，夏完淳充满了内疚与牵挂。钱秦篆与夏完淳同岁，其父钱栴，字彦林，为嘉善著名才子，与夏家为世交。夏完淳与钱秦篆青梅竹马，感情甚笃。他在南京羁押期间谈笑自若，创作了许多慷慨激昂的诗歌，但写给妻子的这首《卜算子 •断肠》痛彻心扉，十分感人：
