至于前210年赵佗攻打瓯骆之战，目前一般认为是第二阶段战争的延续，主要以抚民为主，是为了巩固秦国对百越地区的统治而已。
秦始皇为何要不惜代价的进攻百越？主要是为了新政的顺利推行
从目前仅有的资料来看，秦国为了征服百越之地，先后投入了六十万大军，且付出了三十万伤亡的代价，那么秦始皇为何要不惜代价的进攻百越呢？
一直以来，由于史料极为有限，导致人们根本无法理解秦始皇进攻百越的意图，从而导致人们普遍认为秦国进攻百越，主要目的是为了扩张，因而这场战争也被认为是秦始皇暴虐的一项罪证。然而，随着湖南里耶秦简的出土，似乎为我们找到了秦国进攻百越的原因。
根据《里耶秦简》的记载，秦始皇统一六国后，仅在前221年南郡的越人便爆发了两次叛乱。。前221年，就在秦始皇统一天下后不久，南郡迁陵县的越人便发动了一次规模不是很大的叛乱，袭击了秦国的军营。而到了同年年底，随着秦国一系列新政的颁布，南郡苍梧县再度爆发叛乱，与前一次规模不大的叛乱相比，这次叛乱不仅规模极大，而且当县令派出新归附的军队前去平叛时，军队竟然也在战斗中叛变了，最终秦始皇不得不征发关中的秦军前往平叛，经过三次战斗，才得以平定叛乱。
南郡，主要指湖北旧荆州、安陆、汉阳、武昌、黄州、德安、施南诸府及襄阳境，这里原本是楚国的土地。从《里耶秦简》的记载来看，即使楚国已经灭亡了两年之久，但秦国对南郡的统治仍然极为脆弱，这里的百姓、尤其是越人，不仅没有欢庆统一，反而对于秦国的统治极为反感，经常发生叛乱。
对于南郡的叛乱，秦始皇在将其平定之后，除了处死为首者之外，并未为难其他参与者，他也清楚百姓们对于这个新生的帝国需要有一个适应过程，但连续的叛乱同样让他意识到了一个问题，那就是如果想要秦国的新政顺利推行，那么就必须消除外在的威胁，营造相对和平稳定的内部环境。
百越之地虽然支系部落众多，但这些越人之间却有着千丝万缕的联系。因此，想要确保境内的越人不再生乱，那么就必须彻底摧毁越人的统治，将百越之地彻底纳入秦国的统治，并与帝国的其他郡县一样，全面施行秦国新政。
秦始皇统一六国之后，最为重视的，便是如何治理这个国家，为此他废除了分封制，推行郡县制，建立三公九卿制度，全面实行中央集权统治。与此同时，为了确保百姓能够迅速接纳这个新生的国家，他又大力推行文化、社会、制度的统一，并尝试接纳融合六国文化、设立博士制度。而这一系列的改革，必须需要一个稳定的内部、外部环境，这便是秦始皇南征百越、北伐匈奴的主要原因。
