公元1227年的8月25日，一代天骄成吉思汗在亲征西夏时去世，他在临死前将汗位传给了三子窝阔台，并且宣称就算窝阔台只有一个吃奶的孩子，都比其他人优先继承汗位。而成吉思汗去世后，蒙古人正忙于攻打西夏，因此窝阔台并没有直接登基，在窝阔台1229年登基之前的两年，成吉思汗的幼子拖雷一直以监国的名义掌握着帝国的权力。
成吉思汗的画像
在成吉思汗去世两年之后，蒙古贵族们在克鲁伦河畔举行了库里勒台大会，想要推举出大汗来继承成吉思汗的事业。而参加这次大会的蒙古贵族中，有一部分想要反对成吉思汗的遗嘱，他们认为应当恪守旧制，拥立幼子拖雷为新大汗。不过由于当时成吉思汗的长子术赤已死，作为二哥的察合台则坚决拥护窝阔台，并且带头向窝阔台行礼，于是窝阔台便成为了新的大汗。
而窝阔台之所以能顺利成为大汗，他的二哥察合台可谓是功不可没，因此窝阔台在登基之后，便一直和察合台保持着良好的关系，在成为大汗后仍然称呼察合台为兄长，并且在一些决策上都会听取察合台的意见。不过窝阔台毕竟是一位统治者，在面对一些威胁到自己权力的事务上，他仍然会坚决维护自己的“利益”。
窝阔台的画像
在成吉思汗西征结束后，曾将花剌子模王国东部的土地赐予察合台，这块位于中亚土地当时并没有被称呼为汗国，因为土地的所有权虽然属于察合台，但是实际的权力却牢牢掌握在窝阔台的手里。窝阔台在登基之后，立即便开始积极控制中亚，聪明的窝阔台明白，兄长察合台的封地对于蒙古帝国来说非常重要，中亚富饶的河中地区可是为帝国提供可观的税收，而且那里盛产的良马，也是蒙古骑兵的必需品。
而窝阔台之所以能牢牢控制中亚的土地，还要从成吉思汗结束西征后的一个策略说起。公元1224年，成吉思汗结束西征后，便任命回回人牙老瓦赤为河中地区的总督，让他管理河中地区的城镇，而牙老瓦赤也没有辜负成吉思汗的信任，在他的治理下，河中地区开始从蒙古军队的破坏中渐渐恢复过来，牙老瓦赤也成为了河中地区权力最大的人。
河中地区的城镇
因此在窝阔台登基之后，便立即和牙老瓦赤取得了联系，聪明的牙老瓦赤也选择向窝阔台效忠，他本人则成为了窝阔台统治中亚的代理人。而当时的察合台，一直和自己的手下生活在中亚东部的草原上，他只能控制自己的军队，却无法干预河中地区的城镇。不久之后，察合台便开始和牙老瓦赤发生矛盾，在1238年的时候，布哈拉的制筛匠塔剌发动反抗蒙古人的起义，察合台见状便派军前去镇压，并且在平定起义之后，想要按照惯例对布哈拉进行屠城。
可是就在这个时候，牙老瓦赤却站了出来，他反对察合台屠杀布哈拉居民，并且将此事报告给了窝阔台，结果窝阔台果断的支持了牙老瓦赤，并且要求察合台不准屠城。这件事结束不久后，察合台便开始不断针对牙老瓦赤，他曾未和牙老瓦赤商量，就将阿姆河北部的一片土地赏赐给自己的部下，牙老瓦赤得知此事后，便再次上报窝阔台，结果窝阔台勃然大怒，并且对察合台提出了批评，察合台见状也只好认错。
察合台的画像
不过后来窝阔台为了安抚兄长察合台，还是将那块土地赐予了察合台。不过这件事也使察合台和牙老瓦赤的矛盾彻底激化，察合台开始迁怒于牙老瓦赤，而牙老瓦赤也并不相让，甚至曾以窝阔台的名义来威胁察合台的大臣。在窝阔台活着的时候，仅仅依靠一个牙老瓦赤，就牢牢控制了中亚的土地，因此曾有中亚的史学家认为窝阔台的这个方法非常高明。