可这也应了那句话，鸟尽弓藏、兔死狗烹。胡宗宪作为可以节制数省军务的封疆大吏，如果倭患平息了，他手中的重权反倒使他自己处于不利的境地。与胡宗宪多年抗倭斗争相伴的是他多次遭到弹劾，但因其抗倭有功，世宗又想保全他，所以，每次他都是有惊无险。可是，如果他卷进了政治斗争的漩涡，前景就不是那么美好了。
嘉靖四十一年五月，内阁首辅严嵩被罢官，其子严世蕃被逮。胡宗宪是由严嵩义子赵文华的举荐而屡屡升迁的，在朝中很多大臣的眼里，他属于严党。赵文华已死，严嵩失宠，胡宗宪的处境也就岌岌可危。这年年底，南京给事中陆凤仪就以贪污军饷、滥征赋税、党庇严嵩等十大罪名上疏弹劾胡宗宪。时人王世贞曾说：“我知道绩溪（胡宗宪）的功劳，可他被华亭（徐阶）所压制，不能表白他的冤屈。”看来，这一切都是新任内阁首辅徐阶直接操纵的，胡宗宪自然无力与其抗衡。
胡宗宪画像
很快，世宗就下令将胡宗宪的一切职务悉数罢免，并将其逮捕押解进京。此时，胡宗宪已经站在了悬崖的边缘。陆凤仪弹劾他时所列举的罪名，任何一条都能定他个死罪。胡宗宪到京之后，世宗念其抗倭的功劳，改变了主意，降旨道：“宗宪不是严嵩一党，自任职御史后都是朕升用他，已经八九年了。而且当初因捕获王直而封赏他，现在如果加罪，今后谁为我做事呢？让他回籍闲住就好了。”掌握生杀大权的皇帝为胡宗宪网开一面，再次给了他一条生路。但是，胡宗宪的仕途终于到此为止了。嘉靖四十二年（1563）春天，胡宗宪带着无尽的委屈和不甘心回到了绩溪县的龙川故里。
胡宗宪本打算从此不问政事，在故里安享晚年。但是“树欲静而风不止”，胡宗宪想全身而退，他的政敌们却不想就此罢手，他们在等待机会。嘉靖四十四年（1565）三月，就在胡宗宪回乡快两年的时候，灭顶之灾从天而降。事情的起因还是离不开严氏父子。曾经协助胡宗宪抗倭的罗龙文犯罪被抄家，在对罗龙文抄家时，御史意外发现了胡宗宪被弹劾时写给罗龙文贿求严世蕃作为内援的信件，信中附有自拟圣旨一道。假拟圣旨，这次就是老天爷也救不了胡宗宪了。果然，世宗闻听此事后大怒，对胡宗宪降旨问罪。这年十月，胡宗宪再次被押赴至京。在狱中，胡宗宪写下洋洋万言的《辩诬疏》，为自己进行辩解。可是《辩诬疏》递交上去后，却如同石沉大海，迟迟没有结果。胡宗宪彻底绝望了，十一月初三日，胡宗宪写下“宝剑埋冤狱，忠魂绕白云”的诗句后，自杀身亡，时年五十四岁。
安徽-胡宗宪尚书府
安徽-胡宗宪尚书府
胡宗宪的死，虽然是政治斗争的结果，但是这也是他自己亲手埋下的祸根。在《明史纪事本末》中，谷应泰评论其“才望颇隆，气节小贬”。困扰明王朝多年的倭患终于在胡宗宪的手中得到控制，这对胡宗宪的才干来说是最大的肯定，但他的为人的确不够光明磊落，而且还有几点致命伤。
首先，胡宗宪与赵文华及严氏父子有着千丝万缕的关系。虽然，世宗亲口说胡宗宪不是严党，但是言官们弹劾胡宗宪是严嵩、赵文华的死党也绝不是空穴来风。赵文华赴浙江祭海时，对总督张经的战略部署胡乱指挥，遭到张经的坚决抵制。赵文华因此怀恨在心，不顾当时抗倭战争的大局，也不顾张经在王江泾大捷中刚刚立下的赫赫战功，上疏对张经构罪陷害。再加上严嵩推波助澜，忠臣张经很快被治罪问斩。胡宗宪在这件事情中扮演了很不光彩的角色。胡宗宪身为浙江等处的巡按御史，不能秉公办事，竟然追随赵文华也上疏弹劾张经。在这道奏疏中，胡宗宪对张经极力诋毁，而且对浙江巡抚李天宠也进行陷害。胡宗宪这种助纣为虐的做法，反映了他在道德上的缺陷。胡宗宪踏着这些忠臣的尸骨，从此青云直上，步步高升。
