他还联合教皇国、萨伏伊公国、威尼斯和热那亚等意大利海洋城邦，在今日希腊科林斯海峡的勒班陀角和奥斯曼帝国的海盗舰队决战。勒班陀之战的胜利使得伊斯兰世界彻底失去了对地中海的控制权，结束了北非海盗可以在意大利到处烧杀抢掠的日子。
这些军事上的胜利都归功于西班牙军事技术上的进步。我们必须要提一下著名的西班牙大方阵（terico）
腓力二世时期的西班牙军队
西班牙大方阵是欧洲中世纪骑士战争向近代的火器时代战争转变中出现的一种阵型。这种方阵主要被西班牙哈布斯堡统治者在战场上使用，比当时欧洲其他的战术要先进得多，因此在战场上极少失败。
如图所示，灰色的是长枪兵，橙色和红色分别是火绳枪手和火枪手。
西班牙大方阵的射击阵型
西班牙大方阵的射击阵型实例
枪手在射击阵型下可以向四面八方尽情倾泻火力，在敌人接近的时候，枪手迅速退回阵型中，长枪兵向外推进，把阵型变为防守阵型。此时敌人看到的只有超长的长矛，几乎无法靠近。有些大方阵的变种还会配备刀盾手来收割敌人。
西班牙大方阵防守阵型
欧洲中世纪是少数精锐骑士带领农民兵为主的战争，后来随着时代的发展和新需求的出现，诞生了雇佣兵。雇佣兵虽然是职业军人，但由于只是拿钱办事，战斗意志并不出众。西班牙大方阵和前两者不同之处在于组成方阵的都是每日勤于训练的职业军人，因此在战场上表现英勇，所向无敌。
最早的大方阵由腓力二世的父亲查理五世设立，是驻扎在意大利的守卫军。一个大方阵约有三千人，由国王命令直接调遣，不听从大贵族的命令。在腓力二世时代，大方阵战功卓著被屡次扩招，共有五个编制。
教皇的瑞士卫队就是很有名的雇佣兵
西班牙帝国高奏凯歌不仅仅在陆上，地中海也在勒班陀大海战后变成了西班牙的内海。我们之前提到过，在地中海南岸的阿尔及尔、突尼斯、的黎波里等国名义上由奥斯曼帝国管辖，实质上是半独立的海盗王国。这些海盗王国的主要收入来自于驾船抢劫地中海北岸的基督教世界，贩卖俘虏，由于海盗高度灵活机动，海军很难阻止他们的劫掠行为，只能在沿海地区修建瞭望塔来观测是否有海盗出现。这导致意大利南部和西西里地区经济发展水平极大地倒退。最为猖獗的时候，海盗甚至计划袭击教皇出行的舰队，俘虏教皇以勒索巨额赎金。
地中海作战靠的是灵活的桨帆船
当时的地中海沿岸无论是基督教国家还是伊斯兰国家，作战主要靠的是桨帆船，这些船在近海可以利用桨灵活地调整方向，用头部的撞角撞击敌船，或是贴近敌方船只后跳到对方甲板上厮杀。公元1570年，奥斯曼帝国入侵威尼斯控制下的塞浦路斯，经过长时间的的围攻，塞浦路斯岛沦陷。在教皇撮合下，西班牙帝国和海上强权威尼斯为首的意大利诸城邦达成神圣联盟对抗奥斯曼海盗舰队。
联盟军舰由腓力二世的弟弟奥地利的唐胡安统帅，实际指挥者是热那亚海军提督安德烈亚多利亚（Andrea Doria)。在西西里岛墨西拿集结后向东行驶，在希腊沿海的勒班陀遭遇了奥斯曼海军。
橙色为奥斯曼控制下的穆斯林地区，绿色为西班牙帝国的领地
这场大战被认为是古希腊萨拉米斯海战后最大规模的海战，基督教联军共有206艘军舰，奥斯曼帝国数量略微多些，有222艘战舰。
