洪武三十一年闰五月，朱元璋驾崩，但遗诏却没有被明实录记载全文，仅有几句话：丧葬仪物，一以俭素，不用金玉，孝陵山川，因其故无所改。天下臣民出临三日，皆释服，无妨嫁娶，太祖实录最后朱元璋临终前问左右燕王在哪，然后驾崩，这自然是朱棣为了继位合法而粉饰自己，在《明史》中朱元璋遗诏全文记载如下：朕膺天命三十有一年，忧危积心，日勤不怠，务有益于民。奈起自寒微，无古人之博知，好善恶恶，不及远矣。今得万物自然之理，其奚哀念之有。皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民。丧祭仪物，毋用金玉。孝陵山川因其故，毋改作。天下臣民，哭临三日，皆释服，毋妨嫁娶。诸王临国中，毋至京师。诸不在令中者，推此令从事。
《明太宗实录》中一口咬死是朱允炆矫诏，所以只写了几句，不过帝王遗诏很多都是由嗣君代写，所以这遗诏究竟有多少是朱元璋本人的意思就不可知了。
建文帝登基后首件大事便是削藩。登基后第三个月，周王次子诬告其父谋反，建文帝便将周王一家废为庶人，发配云南当野人。建文元年正式改元，将朱标追封为兴宗，常妃追封为孝康皇后，弟允熥为吴王，允熞衡王，允熙徐王，之后又相继废了齐、代、岷王，湘王被逼自焚，七月燕王朱棣就起兵造反，之前经过多轮和朝廷扯皮，朱棣的理论已经相当完备：皇帝被奸臣齐泰黄子澄蒙蔽残害宗室，违背太祖皇帝封建藩屏的祖制，本王奉皇明祖训，清君侧，靖内难。
太宗实录也是以这个论调来记载靖难，然而再怎么正义凛然，毕竟还是通过造反上位的，朱棣死前还能对建文帝一系大加屠戮，但朱棣死后，为建文遗臣翻案的已经大有人在了，到了世宗时，有人直接向皇帝上书称齐泰黄子澄方孝孺等人都是大忠臣。当时夏言是这么和世宗说的：所列死事诸臣，固有一时自尽其心，以明臣节于建文君者，若齐泰、黄子澄辈，则是当时误国有罪之人。太宗文皇帝名其如君侧之恶，声其罪而诛之者也。具载实录，昭然可考。非赖我太宗应天顺人，内靖外攘，则我高皇帝万世帝王之业当未知何所底定。此我太宗神功圣德，所以宜为百世不迁之宗也。
终明朝之世，建文遗臣的后人虽然被陆续被朝廷宽侑，但并未正式平反，建文帝自己的下落也是明史第一悬案，建文帝的元配皇后马氏自焚，长子朱文奎和建文帝一样不知所终，幼子朱文圭被关在凤阳，英宗时才放出来。
朱标的其他儿子也被牵连，吕太后在永乐初就被赶到东陵居住，把朱允熥、允熞、允熙降封为郡王，允熞，把允熥、允熞打发到福建和江西，允熙和吕太后一起去东陵守陵，不久又把允熥、允熞召回，废为庶人，理由是不能匡扶兄长，也就是建文帝，后来建文的三个弟弟相继暴毙。
朱标的嫡妻是常遇春之女，所以按照宗法，建文帝的外祖父是常遇春，但常遇春一系的记载在太宗时却只字不提，洪武二十四年常茂死在谪所，弟弟常升袭爵，但常升后来如何却从实录里神秘地消失了，“洪武中，开平忠武王常遇春祠坟俱有定制，建文中增修过度，请复其旧”建文对外祖还是很尊敬的，但在朱棣这里开平忠武王这一系已经是荡然无存了。或许老朱当初对诸臣立下共享太平愿景的时候也没料到最后成为帝系的不是太子，最后子孙能享太平富贵的开国功臣也只有寥寥而已。
