洪武三十一年，朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆继位，改元建文。朱允炆虽然是朱元璋钦定的继承人，但是他的皇位并不稳当，其实明太祖也预料到了孙子的皇位可能会不稳，所以也煞费苦心地为他铺路，从结果来看，朱元璋的愿望最终还是化成了泡影。
朱允炆是皇太子朱标的第二个儿子，母亲是朱标的侧妃吕氏，朱标的妃嫔有记载的只有元配常氏和次妃吕氏。元配常氏是常遇春之女，洪武四年被册为皇太子妃，洪武七年十月，生下了嫡长子雄英。洪武十年十一月，朱标第二子朱允炆出生，由次妃吕氏所生，过了一年，洪武十一年十一月常妃生下朱标第三子，也是嫡次子朱允熥，仅过十日，常妃便去世，朱元璋素服辍朝三日。洪武十五年去世，朱雄英去世，年仅八岁，朱元璋十分悲痛，追封为虞王。
太子朱标在明代官方记载里是朱元璋的嫡长子，与秦、晋、燕、周四王是同母兄弟，但朱元璋前五子的生母一直是明史疑案，众说纷纭。洪武元年正月，朱元璋登基后就册发妻马氏为皇后，朱标为太子，洪武三年，朱元璋将九个儿子封为亲王：第二子樉为秦王，第三子为晋王，第四子棣为燕王，第五子橚为吴王，第六子桢为楚王，第七子槫为齐王，第八子梓为潭王，第九子杞为赵王，第十子檀为鲁王，并把侄孙朱守谦封为靖江王。
朱标在太子位上二十五年，老朱对他抱有很大的期望，在洪武初和诸臣议事时指着太子说：太子年幼，未历世故，朕尝以此意诲之，使他日汝子成立，与吾儿共享太平，常如今日，则子子孙孙，无有穷也。
明太祖朱元璋
朱元璋曾经问朱标功课，朱标说到汉景帝七国之乱，老朱问朱标七国之乱错在谁？朱标说七国，老朱说，这是讲官偏执的说法，应该讲汉景帝七国之乱错在景帝，轻信晁错，黜削诸侯土地，和诸子讲这段的时候应该讲藩王要上尊天子，下抚百姓，为国家藩辅，这样太子知道爱护兄弟，诸子知道拱卫皇室，尽君臣之义。
朱元璋为了藩王和中央的关系也是煞费苦心，给藩王亚天子一等的政治地位，朝廷使臣如果路过藩王封地，必须去拜见，如果故意迂回躲避，斩！藩王封地的地方官在朔望日都要去王府门口候见。同时，又对亲王做出严格的防范，新天子登基藩王三年不能入朝。鉴于前代有权臣势大之事，朱元璋还特意说明如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王，统领镇兵讨平之，这也成为日后朱棣发动靖难之役的依据。
朱标在太子位上二十五年，兢兢业业，老爹难伺候，兄弟们也不是省事的主儿，个个不安分，飞扬跋扈，手握重兵，能征善战。洪武二十五年四月，年仅38岁的朱标去世，葬于孝陵东，朱标死后一个棘手的问题出现了，谁是新的储君？由于种种原因，朱标死后储君议立的记载在实录被抹掉了，我们只知道在洪武二十五年九月，时年15岁的朱允炆被立为皇太孙。此时朱元璋已经六十五岁了，皇太孙虽然饱读圣贤书，可是他的叔叔们可都不是好对付的主儿。
朱元璋为了给建文帝铺路可谓是煞费苦心，洪武二十六年，蓝玉被诛杀，一块被杀的还有鹤庆侯张翼、普定侯陈桓、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、会宁侯张温、东莞伯何荣、吏部尚书詹徽等，还编了个名册《逆臣录》。开国六国公至此全部去世，常茂死于谪所，李善长、冯胜被杀，徐达、李文忠、邓愈病逝。
洪武二十八年，朱元璋第二子秦王朱樉去世，洪武三十一年，第三子晋王朱㭎去世，晋王与燕王素来不和，而朱元璋对晋王、燕王最为重视，经常让二王将兵出塞及筑城屯田，朱㭎去世后，燕王成为宗室诸王最长，且兵权最大，已经无人可以压制燕王。
朱元璋在朱㭎去世后给他的儿子朱济熺下诏，引了一段资治通鉴中李克用死后的记载，最后一句话说道“生子当如李亚子，克用为不亡矣”。言之外意是让朱济熺学习一下李亚子，牵制当时已经势大的燕王，但后来的事实证明，朱元璋还是失望了。