建武十三年(公元37年)，天下平定，增加耿弇的食邑，耿弇同邓禹等诸将一样，自觉上交了大将军印绶，请求免去军职。免去大将军后，仍以列侯身份奉朝请。刘秀每遇四方有不同意见，经常召见耿弇顾问筹策。
汉明帝永平元年（公元58年），就在刘秀死后的第二年，耿弇病故，年五十六，谥封为愍侯。
汉明帝后来设立的“云台二十八将”中，耿弇位居第四。后世唐朝以及宋朝的武庙，耿弇都在供奉之列。
耿弇他勇猛善战，用兵灵活，指挥果断，富于创造，是中国战争史上卓越的军事天才。后世对他的评价很高，他决策河北，定计南阳，收集燕卒，克拔齐疆，为东汉王朝建立了不朽的功业。在东征的一系列战役中，耿弇充分显示了他的军事才能。在各个战役中，他采用了心理战、攻坚战、围城打援、声东击西、避强击弱等一系列战术，而且运用巧妙，每战必胜。耿弇是一个难得的勇将，在自身中箭负伤的情况下，镇定自若，继续激励部下战斗，充分显示出将帅的风度。
