基于法家思想的政治要求，还要废止封建制而施行郡县制。也曾有人进言，在远离国都的地方封皇族为王。而李斯主张强行推进郡县制，他的意见被采纳了。全国被分为三十六郡，郡下置县。郡、县的长官全部由朝廷派遣，一纸调令就可调到任何地方。当然世袭之类是不能容忍的。中央也就是朝廷的指示会被传达到全国的所有角落。
继统一国土后，秦又在所有领域推行统一。这应该算是始皇帝的功绩。各国略有不同的字体都被统一为秦国小篆；各地有差别的度量衡也被统一；全国的车轮间距离被命令必须一致。当时的道路上因为辙较深，显现出轨道的形状，车轮就在其中疾驰。各国的轨是不一样的，这是为了防御外国战车的进攻，至此已经被认为是没必要了。文字和轨的统一被称为“书同文，车同轨”。继军事上的统一后，政治、文化上的统一也开始实施。
秦始皇统一天下，在人们的心里深深地烙上了“一个中国”的信念。从此人们就认为，分裂是异常的，统一才是正常的。
