雍正在王邸的时候，早已开始参禅学佛，和他交往的方外僧人也不少。而且他受章嘉大师的启迪印可以后，对于禅悟，自认为是已经破了三关的大彻大悟者，所以也公然以居士帝王禅师的身份，收出家和尚们做弟子。因此，他对明末清初佛教的禅宗丛林和蒙藏密宗的教法，其中的利弊得失以及龙蛇混杂的情形，都弄得非常清楚。
1、整饬佛教和禅宗
雍正登位以后，便以禅师而兼帝王的立场，大刀阔斧来整顿佛教的禅林，下令尽毁“汉月藏”一派《五宗救》、《辟妄救》等著作，并命“汉月（三峰）”一系的出家僧众，统统要重新改投“临济宗”的门下。在圣旨威严管束的同时，他又声明自己是个明眼宗师，如果有天下老和尚认为他的见地有错误的，尽管进京找他面谈对错，他只以出家衲僧的立场相见，绝不以皇帝的权威压人。总之，要和他讲论佛法，他自认为只是一个禅师或居士而已，并非以人王之尊的面目相见。
可是当时如雍正一样，对于参禅学佛确实下过一番真参实证功夫的出家人并不多见，当然便没有像南北朝和唐代的禅师们，一领布衲，芒鞋拄杖，敢在帝王前面潇洒自如地侃侃论辩佛法了。因此，他把几个跟他参禅学佛多年的和尚徒弟，分别派到江、浙及其他省去做禅寺丛林的住持，并命督抚以下各官照应，作为佛门的护法。如扬州的高旻寺、杭州的净慈寺、嵩山的少林寺等，都是由他派出和尚徒弟，住持整顿。经费由地方财政的盈余中划拔及募集功德所得，或由皇室支付，统报由雍正自行核定。
但从雍正的整饬佛教和禅宗以后，便使中国的禅宗，局限于高旻寺的禅堂之中，只以参一句“念佛是谁”的话头定为参禅的风规，直到现在。这倒合了一句古话：“良冶之门多钝铁，良医之门多病人。”
但我们需要知道，雍正整顿佛教和禅宗各丛林寺院，从佛法的立场来讲，他是确有正知正见，并非歪缠。但同时也使那些皈依佛门，抱着“反清复明”思想的知识分子临时冒充参禅学佛的和尚，走投无路，弄假成真了。因此，后来“反清复明”的帮会组织，就都离不开与佛门有关。可惜过去一般记录历史的大儒，偏偏固执成见，认为佛、道两教，都是孔子所说的“异端”，从来不关心它与中国政治文化的重要关系，所以并不深究。尤其对于清史，如入关前后的一百多年中的三四代皇帝，如不了解禅宗和密宗的渊源，当然所有论断，就多有外行之谈了。
中国过去的历史，尤其在佛教的宗教史上，认为破坏佛教最厉害的，便是“三武一宗”之难（北魏太武帝、北周武帝、唐武宗、以及后周世宗）。但并没有说雍正这样做也是佛教史上的灾难。事实上，“三武一宗”的事，是有关历史文化思想的冲突，和佛、道两教的宗教斗争，以及那些昏君的不知正面治理所造成的结果，但也并非是政治上的绝对盲动。至于雍正的整顿佛教禅林，他是以内行对内行，他的本心原在维持佛法的正知正见，当然不能把这作为迫害宗教的事件来论断。
2、为何和尚头顶要烧戒疤
但另有一件与雍正整顿佛教禅林有关的故事，我也追究了几十年，直到如今，仍然是属于“事出有因，查无实据”的疑案，那就是，中国佛教的出家人，为什么要在光头上烧戒疤？开始于哪个朝代？根据佛经中大小乘的戒律，以及印度原始佛教和蒙古、西藏等地区的佛教传承，出家人剃除须发以外，也都没有这个规定。我曾经在五十多年前，访问过几个前辈的师友，对此都无法作答。有一次在峨嵋山上，和一位老和尚讨论过此事。他说，应该从清朝入关以后开始，而且可能起于雍正的时代。
如果是这样，那就是在雍正收拾“汉月（三峰）”一系，饬令统统归到临济宗门下以后所开始。为了缓和满汉之争，施行仁政，他在位的十三年中，曾经两次在夏天盛暑时节，命令清除刑狱，释放一些罪犯。如诚心愿意忏悔改过，准许入佛门出家修行。但又恐一班始终心存“反清复明”思想的人从中煽动，便咐嘱他派往江南一带住持大寺的和尚徒弟们，提倡以《法华经》、《药师经》和《梵网经菩萨戒》的舍身忏罪、燃灯供佛的方法，在出家人接受三坛大戒（沙弥戒、比丘戒、菩萨戒）的同时，便在一身最宝贵的头顶上燃灯，以表志诚。这样一来，即使要在出家以后，再来蓄发还俗，从事“反清复明”运动，或是怙恶不悛者，都无法逃过检查身份的法网了。从此以后，就形成除蒙、藏喇嘛以外，内地汉僧的顶上都有戒疤为记了。以外，又有在禅堂中警策参禅入定的香板，也是由雍正当时在王府领导修行，交一把宝剑给一个和尚徒弟说：“如果你在七天中不开悟，就以此自裁吧！”结果，此僧果然不负所望。所以后来在禅堂中集体参禅时，便变更形式，做成剑形的香板，也是雍正禅师的杰作云云。有关这两件事，是否如此，我仍然不敢确定，只如野老村言，备做研究参考而已。