建武九年（33年）春，光武帝刘秀平定了西北实力隗嚣，间隔一致全国只剩下最终一步了，即西南还有仅有的割据实力——公孙述。
建武十一年（公元35年）春，刘秀录用征南大将军岑彭、吴汉、臧宫等率大军从荆门入蜀，一起派来歙和盖延、马成率军从汉中入蜀。两路大军并进，所到之处所向无敌。但是正在这时，公孙述派刺客刺杀两路大军的主帅来歙和岑彭，竟一起得手。无法之下，刘秀让吴汉接过岑彭大军指挥棒，带领副将刘尚持续向成都进军，最终与臧宫部会师于成国都下。
建武十二年，吴汉大军与公孙述大军在成国都下激战，成果公孙述战胜重伤，回城后死去。次日，公孙述手下大将延岑开城出降。吴汉率部入城，命令焚毁宫室，把公孙述、延岑家灭族，再纵兵虏掠，大开杀戒，成国都大乱。
刘秀知道后大怒，但是让人大跌眼镜的是，刘秀分明知道命令残杀的肯定是吴汉，但刘秀对吴汉并没有过多叱骂（《后汉书》记载：帝闻之怒，以谴汉），而是对吴汉的副将猛猛骂了一顿：城池已降三天了，官吏大众都已归顺，老幼妇孺有1万多人，一旦听任官兵抢掠纵火，这事听了让人心酸，你刘尚也是宗室后代，曾做到官吏，怎样狠心做这种事呢？你仰头看天，垂头看地，把鹿放生，喝亲子肉羹，这两件事哪件更善良，你们这样做，还有什么资历说自己是善良之师？（《后汉书·公孙述传》：又让汉副将刘尚曰：“城降三日，吏人从服， 孩儿老母，口以万数，一旦放兵纵火，闻之可为酸鼻！尚宗室后代，尝更吏职， 何忍行此？仰望天，仰望地，观放麑啜羹，二者孰仁？良失斩将吊人之义也！”）
为何吴汉会纵兵屠城？
吴汉屠城的原因其实便是泄愤，攻击公孙述并不顺畅，吴汉心里窝火，所以才有屠城之举。
1.来歙和岑彭被杀。来歙和岑彭都是吴汉的战友，尤其是岑彭，吴汉和岑彭知道多年，在攻击隗嚣时就相互合作，攻击公孙述时，岑彭是吴汉的领导。来歙和岑彭被杀，吴汉心里定然是想为这两人报仇。参阅他派刺客刺杀光武帝两名大将，竟一起得手，最终他被灭族
2.吴汉自己攻击公孙述也并不顺畅。吴汉从前两次在公孙述手里吃了亏。一次是攻击成都时，依照刘秀的战略目的，应据守广都，等蜀军筋疲力尽再建议总攻，但吴汉急于进攻，却让副将坚守，自己带兵进攻。刘秀大为不满，成果吴汉还兵败而归，后来主意向刘秀上书请罪。还有一次，公孙述部将延岑打旗帜诱敌，却出奇兵狙击汉军后路，吴汉大北，还掉入河中，差点淹死，这便是为什么延岑屈服仍是被吴汉灭族的原因。
3.吴汉自身的性情尽管正直，但心胸狭小，爆燥易怒，没什么文明涵养。吴汉心中愤慨却不知道怎样发泄，就以屠城的方法泄愤，这也是古代戎行常见的泄愤方法。
4.吴汉从前屠过城。建武二年（公元26年）攻击南阳时，吴汉就从前屠过新野，逼反其时的刘秀手下另一名大将邓奉，此事吴汉并没有遭到赏罚，在他看来，屠城好像并不是多大罪行。
为何刘秀不赏罚吴汉，却找副将刘尚的费事
1.对吴汉的信赖和保护。吴汉是更始二年（公元24年）投靠刘秀的，其时的刘秀正处于人生最危险之时，吴汉的投靠给刘秀很大的协助。吴汉才干杰出，跟从刘秀多年，身经百战，劳绩显赫，深得刘秀信赖。
2.吴汉为人强势，性情偏执，受不得冤枉。假如刘秀批判吴汉过猛，吴汉或许并不会知道到自己的过错，甚至会愈加愤慨。痛斥刘尚，借此击打吴汉，一则给吴汉留点体面，二则吴汉看到刘尚为他背锅，心里或许反而会不安，这样才会知道到自己的过错。
3.在刘秀心中，刘尚的位置是远远不如吴汉的，何况又是皇室，更能了解刘秀的作法。不过，刘尚平白无故当了背锅侠，心里定然难过，刘秀或许会暗里给予刘尚安慰，惋惜并没有相关记载。