元帝重用新士族，其天然会引起王氏兄弟的不满。王导作为宰相，其虽有辅弼权力，但究竟无法阻挠元帝重用新贵的脚步，而王敦就不同了，其掌管东晋一大半的戎马，若要发问，垂手可得。
晋元帝忽略了对王敦的防范，就在元帝正在重用刘隗、刁协等人抵挡王氏兄弟的时分，王敦便在荆州以清君侧的名义起兵了。王敦久有称帝之心，其早就像取司马氏而代之，司马睿如此重用新贵，也就给了他起兵的托言。总算，在公元321年，王敦带领二十万戎马东下建康。
司马睿所重用的刘隗、刁协等人都没有军事才华，他们也无法阻挠王导暗助王敦的做法，所以，王敦起兵十分顺畅。很快，叛军就攻到了建康城下。晋元帝司马睿对王敦的忽然发问不知所措，其无计可施，只好任由形势开展，公元322年，叛军攻入建康。王敦进入皇宫首要就将一贯对立自己的大臣戴渊处死，然后他操控皇宫，将晋元帝软禁于宫中。
晋元帝司马睿究竟为正统皇帝，所以王敦也不敢对其有所猖狂。不过，王敦究竟有称帝的野心，所以其自操控建康后，就不断削减对元帝的饮食补给。元帝受王敦如此欺辱，现已愤怒不已，没过多久，他就死在了建康。
王敦之乱是东晋初年一次影响巨大的士族暴乱，晋元帝司马睿究竟没有平定这次暴乱，直到其子晋明帝司马绍继位后，王敦之乱才被完全平定。
