明军原本可以取得更多斩杀战果，在进犯敌方最终据守的墩台时，明军围住了里边的几千人，明军将领本计划攻陷墩台后再斩杀八百首级回去邀功。但许进发现这些反抗者并非吐鲁番人，而是被牙兰钳制参战的当地人。所以他坚决阻止了滥杀，派人劝说他们屈服，还劝诫明军将领：“朝廷用我辈专为康复，我辈图康复当务安靖，妄杀一人，尚恐远人不服，况八百乎？且得其城而屠其人，其谁与守？吾宁无功，决不为此！”表现了仁义之师的风仪。
牙兰逃出哈密后，骑一匹据称日行七百里的名马敏捷赶回吐鲁番报讯，阿黑麻大惊，派八百马队追击现已撤军的明军，途中却遭小列秃部埋伏，大北而归。原本跟从吐鲁番的奴隶部落见明军势大，也转而进犯吐鲁番，斩杀吐鲁番大将撒它儿，将他的首级献给明朝。阿黑麻见自己遭到汉番同盟的夹攻，强弱之势现已易位，也感到了惊骇，所以向大明请降，并偿还陕巴和忠顺王金印，阅历了十几年战乱的哈密总算重归安静。
从明朝对哈密的经略来看，朝廷中的有识之士非常重视同盟的效果，深知一个大国的力气不只在于本身实力，还在于具有广泛的同盟系统。他们更知道，盟友的取得，不只在于经济援助，更在于展示国威军威，使藩属国感受到大明是一个强壮而可信的领导者，然后心存敬畏，乐意效能。古往今来的强权都把强有力的同盟系统作为维系世界或区域影响力的重要凭恃，具有一伙惟其亦步亦趋的盟友，指派他们去围殴一同的敌人。所以哈密之战的经历，在现代也很有学习含义。
许进与刘、陆二人统领大军于弘治八年十一月初五日在肃州演武场誓师，随后动身，前往羽集也川与彭清的部队和各路番兵会集。大军通过八日行军抵达羽集也川，当夜，寒流忽然来临，许多战士在暴风雪中被冻僵，原本就对此战情绪失望的一些部属，目睹这种状况，更是感到惊骇，产生了有去无回的失望，居然哭泣起来。许进见状，冒着风雪环走帐外，问慰诸军，安稳军心，并鼓励他们：“此正人子图报之日，死疆场亦幸矣，何泣为？”许进的言行，从头鼓起了将士们勇气。到下半夜，风停了，但雪下得更大。
第二天，卜六赛罕王等十六人作为瓦剌小列秃部的使者来到明军大营，感谢朝廷的恩赐，表明坚决与大明协作，一同冲击吐鲁番，为战死的小列秃复仇。许进犒以牛酒，令他们随中军一同行军。
因为昨晚的大风雪，罕东兵未能准时赶到集结地，许进决议不等他们，他说：“潜师远袭，贵在神速，兵已足用，不须待也。”令彭清精选番、汉兵共一千九百五十名，本日进发。另遣指挥杨禧领兵三百，散布在北路的坦力一带，指挥朱玉领兵三百散布在南路的养威一带，作为彭清的两翼，以防不测。许进自己与刘、陆二人率大军在后，令番兵三百来往侦办联络。前往哈密的路途中，没有水源，连日大雪却处理了供水问题，大军得以顺畅行进。
弘治八年十一月十八日拂晓，大军来到哈密城下，不加休整，即于寅时建议进犯。以都指挥李清所领甘州官军六百一十余名分为左哨，令百户何祯、冠带舍人刘訔执旗牌督战，再令番兵六百三十余名从四面进攻。哈密守将牙兰没有料到明军会冒着大风雪千里突袭，匆促中极力反抗，战至上午辰时，明军占有了优势，战士门凿城为坎，蚁附而登，守军溃散，退守到土筑的墩台中。明军乘胜追击，与守将撒它儿激战于墩台下，指挥何玉、李珍等舍生忘死，首先破阵，斩首六十余级，攻破墩台五座，焚毁房子三百间，抓获已故忠顺王妻女，取得牛、马、羊只二千多头。牙兰、撒它儿两人乘乱逃脱。
