太平军李世贤部在进取赣北、皖南失败后，转而向防卫力量薄弱的浙江挺进，连克浙西、浙北和中部许多名城重镇。随后由李秀成统帅号称70万人的大军，也由江西进入浙江，决定集中力量经营东南。十一月二十八日，李秀成率各路太平军一举攻破浙江省城杭州。
清廷浙江巡抚王有龄自缢而死。太平军围攻杭州的消息传到北京，刑部高延佑等即上奏清廷，称浙江巡抚王有龄等在太平军进攻下一筹莫展，应改任左宗棠为浙江巡抚，则浙江可保。王有龄和杭州将军瑞昌也自知无力挽回局势，也曾主动奏请左宗棠督办军务，代骆秉章为湖南巡抚的毛鸿宾等随同呼吁，认为只是统带兵勇不能尽左宗棠之才，应该授以封疆重任。曾国藩于是密奏清廷，称王有龄于浙抚一职实难胜任，建议改任左宗棠抚浙。咸丰十一年十二月十四日（1862年1月23日），清廷根据曾国藩保荐，任命左宗棠为浙江巡抚，自此，左宗棠进入上层统治集团。
左宗棠立即向清廷上奏疏，分析国内战争形势，提出了征剿太平军的战略计划：
浙江全省自金华、严州、处州失宁，绍兴、宁波、台州相继沦陷，局势全非。自江西入浙之道，遍地贼氛，势非节节攻剿，不能深入。节节攻剿，又恐旷日持久，饷竭兵疲，先已自困，势非蹈虚乘瑕，诱贼野战不可。以东南大局见在言之，湖北江西一律肃清，皖北逆氛渐熄，群贼悉萃江浙二省。如各路统兵诸臣声势联络，力保完善之区，以规进取，从此渐逼渐进，庶可作士气而扫贼氛，利戎机而速勘定。以江浙见在局势言之，皖南守徽池以攻宁国、广德，浙江守衢州以规严州，闽军严遏其由浙窜闽以绕犯江西之路，然后饷道疏通，米粮军火接济无误，诸路互相知照，一意进取，得尺则尺，虽程功迂远，实效可期。此定之局也。
太平军攻克杭州后，清廷十分震惊。当时浙东、浙西、浙北，除衢州尚有清军盘踞外，主要府县均为太平军李世贤、汪海洋等部所据有。曾国藩在上清廷的奏疏中分析浙江局势，认为“全浙唯衢州一府可以图存”。于是清廷谕令左宗棠速入衢州，以图金华、严州两府，再图收复全浙。左宗棠上奏疏，表白了自己不同意首先增援衢州的见解：
臣前奉谕旨办浙江军务，甫三日即接徽防将杨辅清犯徽之禀。臣深恐徽婺疏虞，则江西饶广腹地，防不胜防，而衢州又成孤注。不得已派马步三千交刘典，为固婺援徽之计。拟此军由徽入浙，臣由玉山入浙。旋贼众数万，已由遂安踞开化，逼婺东，与徽郡城相首尾，其势又出官军之后。频年东南贼踪，每遇坚城，必取远势包围，待自困而后陷之。办贼之法，必避长围，防后路，先为自固之计，乃可以制贼而不为贼所制。臣若先入衢州，无论不能固江皖边圉，亦且不能壮衢州声援，一堕逆贼长围诡谋，又成粮尽援绝之局。故决计由婺入浙，先攻开化，以清徽郡后路，分军由白沙关扼华埠，收遂安，俾饶广西郡相庇以安，然后由遂安以援衢州，目前固不能舍衢前进也……
左宗棠在上述两个奏疏中提出了他“收复”浙江的战略观点。
第一，鉴于太平军已占领浙江绝大部分地区，而左军人数又少，因此必须采取“蹈虚乘瑕，诱贼野战”的战术，如果以较少的兵力节节攻剿，或打攻坚消耗战，都将无法达到预期作战目的。
第二，由于太平军经常采取远势包围、截其后路的战术，左军进取浙江时要特别注意“避长围、防后路”，只有先自固，然后才能在战场上争取主动，即制太平军而不能为太平军所制。基于这一点，他非常注意自己野战兵力的运用，以期适时捕捉战机，在运动战中歼灭太平军主力，而决不可贪攻城夺地之利，以陷太平军的包围之中。
后期左宗棠在浙江对太平军的征剿，基本上都是上述思想的引申。只是因为清政府逐渐增加了他统率的兵力，才使他可以有足够的力量巩固其所占地区，免去了后顾之忧，才在余杭、富阳等城打了些攻坚战。