朱元璋在建立明朝前曾经有过一段做和尚的经历，这段经历体验并不好，主要也是为了混口饭吃，但是做和尚期间也没有能够达到吃饱饭的地步，最后被迫去周围流浪乞为生，之后参加了起义军，然后才可似乎发迹的。在此之前的日子过得很不好，只能说是勉强维持生计，不至于饿死而已，在寺庙出家的经历也使得他充分理解了宗教的本质。因此在他当皇帝以后对于宗教采取了严格的管控措施，就是怕某些别有用心的人通过宗教手段来反对政府，害怕威胁到自己的统治，另外他对寺庙等也没有采取极端的手段，毕竟自己也做过和尚还是有一定感情在里面的。下面我将从几个方面来谈谈：
明代宗教情况
在元至正十二年（1352）三月的一天，一个年轻和尚脱下袈裟，投身到了农民起义的大潮之中，十六年后，这个当年的年轻和尚登上了皇帝的宝座，这就是明太祖朱元璋。从和尚到皇帝，这样一个特殊的变化，也就必然给明代的佛教带来一些特殊的影响。
在明代，宗教的发展是一个较为特殊的时期，随着宋、明理学显学地位的确立，作为中国自身的宗教道教和较早传入中国的佛教，都逐渐走向了衰微。宗教学术无法与新儒家们那种平民化的学术思想相对抗，所谓三教合一的趋势的主流，实际还是宗教的儒化。这主要是由于随着专制主义皇权统治的不断强化，宗教作为统治工具的作用，已经最大程度地减弱。明代的宗教只是比较突出地表现在了对于少数民族地区的统治作用。
另一方面，与官方宗教的情况相反，明代的地方民间宗教却经久不衰地发展，成为秘密社会乃至民众的精神武器，因此对于宗教的控制也就成为了明代管理宗教的一个重要组成部分。
同时伊斯兰教在明代西北地区得到了发展。其他的少数民族地区的宗教，如藏传佛教、小乘佛教、萨满教、东巴教等也都有不同程度的发展。 明朝后期，西方传教士来华，开始传播天主教，并且打入了士大夫和部分民众当中，成为中西文化交流中的一件大事，到明朝末年，天主教一度有机会成为统治者新的宗教选择。
明代对主要宗教佛教的管理
因为朱元璋当过和尚，这就给明代的佛教带来了一些特殊的影响，也就决定了明初佛教的微妙地位。根据史料记载：帝自践阼后，颇好释氏教，诏征东南戒德僧，数建法会于蒋山，应对称旨者辄赐金襕袈裟衣，召入禁中，赐坐与讲论。吴印、华克勤之属，皆拔擢至大官，时时寄以耳目。由是其徒横甚，谗毁大臣。举朝莫敢言。
朱元璋登基后请为佛教专门设立了官职，先置善世院为僧录司，设左右善世、左右阐教、左右讲经觉义等官，皆高其品秩。道教也是一样。在此期间度僧尼道士达到了数万。
以上这些只是笼统地记述，明初朱元璋的佛教政策实际上还是以控制为主。 自洪武元年（1368）设立善世（佛教）、玄教（道教）二院，到洪武四年（1371）就取消了。五年起，诏给僧道度牒，而此后十年间并未再设立僧道官署。直到洪武十五年（1382），始置僧录司、道录司。 僧录司是明代佛教最高管理机构，设官左、右善世各一人，正六品；左、右阐教各一人，从六品；左、右讲经各一人，正八品；左、右党义各一人，从八品。各府县则设有僧纲司，选精通经典、戒行端洁者掌之。并定全国僧人为三等：曰禅、曰讲、曰教。 这大概就是李仕鲁等儒臣上疏反对明太祖“舍圣学而崇异端”之时。
学士李仕鲁性刚介，由儒术起，方欲推明朱氏学，以辟佛自任。及言不见用，遽请于帝前曰：“陛下深溺其教，无惑乎臣言之不入也。还陛下笏，乞赐骸骨，归田里。”遂置笏于地。帝大怒，命武士捽搏之，立死阶下。这是儒、释之争在明初的反映。在李仕鲁之类的儒臣们看来，对于佛教，应该是实行厉禁的。其实在此前，明太祖已有对于僧道的限令：洪武六年十二月戊戌，上以僧道日多，蠹财耗民，莫此为甚。乃诏天下府州县止存大观寺一，僧道并处之。非有戒行通经典者，不得请给度牒。又禁女子年四十以下为尼者。并著为令。这个限令的下发，是因为洪武五年给度牒令后，取得度牒的僧道一时多达九万六千余人，不得不加以限制。然而到十五年设立僧录司后，不到三年时间，新度牒的僧尼又达二万九百五十四人。