元至正十八年（公元1358年）十一月，朱元璋亲身率兵攻入婺州。十二月，朱元璋派主簿蔡元刚、儒士陈显道去庆元招降方国珍。
方国珍和手下商量对策：朱元璋纪律严明，百战百胜，现在又攻下了婺州，恐怕无法和他对立；更何况，咱们的对手西面有张士诚，南面有陈友定；不如暂时表明制服，以借其气势。属下很认同他的观点。
至正十九年（公元1359年）正月，方国珍差遣使者向朱元璋进献五十斤黄金、一百斤白金、百匹锦帛，表明乐意一同出动军队攻击张士诚。朱元璋派镇抚孙养浩回访方国珍。
三月，方国珍派郎中张本仁前来，献出温州、台州、庆
元三地，还送来自己的二儿子方关做人质。
朱元璋说：既是诚心归附，便利诚心相待，“何自置疑而以质子为哉？”（《明太祖实录》）。
所以朱元璋厚赐方关，然后便让他回去了。
方国珍向朱元璋各样示好，并不代表他是诚心归附朱元璋，或许仅仅为了暂避矛头，“虽纳款，然其志尚阴持两头”（《明太祖实录》）。
朱元璋脱离婺州返回应天府后，方国珍的情绪很快便有了一些改变。
同年六月，朱元璋返回应天府。九月，朱元璋派博士夏煜去庆元，授封方国珍为福建等处行中书省平章政事；令方国珍的部队仍驻扎原地，待命征讨。“博士”一词在古代指担任经学教授的官员。
方国珍以年迈有病为由推托不受，只留下印诰，并不赴职；对使者的情绪也颇有些高傲。
方国珍尽管口头上容许屈服朱元璋，可是既不到差朱元璋颁发的官职，也不运用龙凤年号。他一面临朱元璋敷衍了事，一面仍旧和元朝保持着亲近的往来，承受元朝的加官进爵，为元朝海道运粮。
跟着元末农民起义的开展，元朝的日子越来越不好过，京师极度缺粮。
“及汝、颍倡乱，湖广、江右相继陷没，而方国珍、张士诚窃据浙东、西之地，虽縻以好爵，资为藩屏，而贡赋不供，剥民以自奉，所以海运之舟不至京师者积年矣”（《元史·志·食货》）。
在元朝的官制中，总领全国政务的中书省设右、左丞相各一名（元制尚右，右在左上）均为一品；平章政事四名，都是从一品；右丞一员，正二品，左丞一员，正二品；参政二员，从二品。分担各地的行中书省一般设置平章二员，右丞、左丞各一员，参政二员，官员等级与中书省相同（《元史·志·百官》）。
朱元璋在名义上归属龙凤政权的期间，在组织设置等方面基本上模仿元制。
元至正十八年（公元1358年）二月，方国珍被元廷擢升为江浙行省左丞，兼海道运粮万户。八月，张士诚屈服元朝，被封为太尉。第二年九月，元朝赐给张士诚御酒、龙衣，令他海路运粮；十月，元朝提高方国珍为江浙行省平章政事。
元朝令方国珍出船，把张士诚的粮食从海上运到大都。开端，他们俩彼此猜忌，张士诚忧虑方国珍私吞自己的粮食，方国珍惧怕张士诚扣住船舶趁虚狙击自己。达识帖睦迩见状忙从中调理，二人开端为元朝海路运粮，直至张士诚再次称王才中止，接连运了四年。元至正二十年（公元1360年）五月，运至大都十一万石粮食，第二年和上年相同，第三年和第四年每年都是十三万石。
元至正二十年（公元1360年）正月，夏煜回到应天府，向朱元璋照实报告，以为“非兵威无以服之”（《明太祖实录》）。
朱元璋所以派都事杨宪，傅仲彰前去劝诫方国珍：我视你为识时务的英雄豪杰，让你镇守一方，你却双面三刀；想窥探真假便遣子为质，想回绝所封官职便诈称年迈有疾，自古以来有见识的人能“转败为功，因祸成福”（《明太祖实录》），何去何从，你自己看着办！
不过，朱元璋此刻没时间对方国珍出动军队，他要集中精力对战强敌陈友谅。同年闰五月，陈友谅带领十万水军占领和平，守将花云战死。几天后，陈友谅约张士诚一同攻击应天府。