他们焚毁官府、杀戮吏士、四处劫略，一个月内，全国七州二十八郡都产生战事，黄巾军势不可当，州郡失守、吏士流亡，轰动京都。
汉灵帝见和平道如此凶猛，慌忙于3月戊申日以何进为大将军，率左右羽林五营士屯于都亭，整点兵器，镇守京师；又自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各京都关口，设置都尉驻防；下诏各地谨防，命各州郡预备作战、练习战士、整点兵器、招集义师。
皇甫嵩上谏要求免除党禁，拿出皇宫金钱及西园良马赠给军士，提高士气，而吕彊又对灵帝上言：“党锢久积，若与黄巾合谋，悔之无救。”
汉灵帝接收提案，在壬子日大赦党人，发还各徙徒，要求各公卿捐出马、弩，推举众将领的后代及民间有深明战略的人到公车署承受面试。
而另一方面又发精兵打压各地乱事。
汉军在首战并未得利，于4月，朱隽军就被黄巾波才所败而撤离，皇甫嵩唯有与他一同进驻长社防卫，被波才率大军围城，汉军人少，士气失落。又汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室的动作而有溃退的痕迹。
184年5月，京师见皇甫嵩被围，派曹操率军救援。不过援军未届时，皇甫嵩已心生一计，在黄昏时份吹起劲风，皇甫嵩命战士手持火把暗暗出城，使用黄巾军营寨周围的杂草，用火攻大破敌人，大喊进攻，城上亦举出火把呼应，皇甫嵩以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大乱，四处奔走。又遇上曹操的援军，被皇甫嵩、朱隽和曹操三面夹攻，斩杀数万人，汉军大胜。
184年6月，南阳太守秦颉与张曼成战役，斩杀了张曼成。黄巾军便改以赵弘为帅，以十多万人占有宛城。而皇甫嵩与朱隽军持续进击汝南、陈国的黄巾，追击波才到阳翟，最终在西华大北彭脱，馀军想逃到宛城，但孙坚登城先入，世人蚁附般推动，大破敌军，成功讨平豫州一带的黄巾军。
另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人。
朱隽与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵攻击赵弘，赵弘被杀，由韩忠替代。朱隽攻入城池，韩忠唯有退保内城。
黄巾军受挫，士气低迷，向汉军乞降。
黄巾军闭幕，平定宛城一带。185年春天，出师回京。另一方面，于8月皇甫嵩抵达东郡仓亭，大破、生擒卜己，斩杀七千多人。
此刻，张角病死。
皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人。
黄巾之乱停息。
为了打压平乱，中心下放军权至当地，使得黄巾之乱无法快速的蔓延至全国，减缓了东汉覆亡的机遇。
可是却造成了当地小看中心，使得具有野心的将领或是官员，藉着在黄巾之乱的军力割据当地，为东汉末年军阀混战揭开序幕，并为了三国分立种下远因。
