元至正二十六（公元1366年）十一月二十五，徐达率军抵达平江，选用锁城法攻击张士诚的国都。
现已失掉淮东、湖州、杭州、绍兴、嘉兴等大片领地的张士诚，现已无力和朱元璋对立，朱元璋戎行占领平江指日可下。
十二月十二，朱元璋承受群臣的主张，“以下一年为吴元年”（《明太祖实录》）；此前，小明王韩林儿忽然淹死在江中。
朱元璋派水军将领廖永忠驾船去滁州接小明王韩林儿来应天府，行进至瓜埠时，船翻沉入江中，韩林儿落水溺亡。
在这之前，朱元璋在军中一向运用小明王韩林儿的龙凤年号，小明王先后封朱元璋为龙凤政权的左副元帅、江南行枢密院同佥、江南行省平章政事、江南行省左丞相、吴国公。
元至正二十四（元1364年）正月，朱元璋在应天府自称吴王，依然尊奉小明王韩林儿为皇帝，一切公函指令均以“皇帝圣旨，吴王令旨”的名义发布。
尽管如此，朱元璋一向以来“事皆不禀其控制”（《鸿猷录》），坚持了实际上的独立。
小明王身后，朱元璋决议不再运用龙凤年号，以元至正二十七（公元1367年）为吴元年，以“奉天承运，吴王圣旨”的名义发布指令。
有一种说法以为，小明王的死并非意外，而是被廖永忠成心害死。
廖永忠原是巢湖水师的将领，元至正十五年（公元1355年）跟从哥哥廖永安投靠朱元璋，是屡立战功的水上骁将。
依据朱元璋第十七子朱权的作品《通鉴博论》，小明王韩林儿是被廖永忠沉溺于瓜洲江中的， “丙午岁，廖永忠沉韩林儿于瓜埠；太祖恶永忠之不义，后赐死”（《通鉴博论》）。
那么，廖永忠此举是自作主张，仍是受人指派呢？
有一种说法以为，是朱元璋私自授意廖永忠淹死小明王的。
元至正二十六（公元1366年）五月，朱元璋发布《平周榜》，声讨张士诚。
“误中妖术，不解其言之妄诞，酷信弥勒之真有。冀其治世，以苏困苦，聚为烧香之党，根蟠汝颍，延伸河洛，妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，屠戮士夫，草菅人命，无端万状。”（《平周榜》）
在这篇檄文中，朱元璋责备白莲教为“妖术”、“妖言”，揭露宣告与红巾军的分裂。尽管这篇檄文仍以“皇帝圣旨，吴王令旨”为最初，可是关于此刻的朱元璋而言，小明王的存在现已没有意义了。
朱元璋身边最重要的谋臣刘伯温一开始便对立奉小明王为帝，以为朱元璋才是天命所归之人。“岁首，中书省设御座行礼，基独不拜，曰：‘牧竖耳，奉之何为！’因见太祖，陈天命地点”（《明史·列传·刘基》）。
这种说法以为，小明王失掉了利用价值，所以朱元璋派廖永忠在从滁州去应天府的途中私自害死小明王。
明朝洪武八年（公元1375年），廖永忠因此被降罪时，朱元璋问他是否知罪，廖永忠的答复颇耐人寻味，“全国已定，臣岂无罪乎”（俞本《纪事录》），朱元璋听后怒发冲冠。
另一种说法以为，儒士杨宪为了邀功请赏，私行推测圣意，指派廖永忠害小明王。
明初朱元璋大封功臣，对诸将说：廖永忠在鄱阳湖之战时，力战拒敌，真可谓奇男人；但是，他让儒士窥伺朕意，想要获封更高的爵位，所以只封他侯爵而不封公爵，“然使所善儒生窥朕意，徼封爵”（《明史·列传·廖永忠》）。
这儿的儒士很可能是指杨宪，“及杨宪为相，永忠与比较”（《明史·列传·廖永忠》），可见廖永忠与杨宪的联系非同一般。
综上所述，小明王死时，朱元璋三十八岁，正值精力充沛的壮年，并且其时他的工作正处于快速上升期，有足够的决心能妥善处理各种纷繁复杂的联系；而小明王从头到尾仅仅一个傀儡，对朱元璋构不成本质要挟，不管朱元璋身边的心腹部将，仍是儒士谋臣，都不会介意小明王的行为。所以，朱元璋直接授意廖永忠害死小明王的可能性不大。