在杜润拴看来，到他被刑拘的时候，风波已过半年，事态已算基本平息。
在起诉书中，原平市人民检察院称：“2005年至今崇实学校配套设施一直不符合国家相关规定，原平教育局多次下达整改通知书，但被告人杜润拴和李勇从未认真执行整改意见……”
另外，原平市人民检察院的起诉书中还写道，“2012年5月份，原平市崇实学校陆续发生结核病疫情，由于该校班容量长期超标，人员拥挤，通风条件较差，造成疫情蔓延扩散。截止（至）2012年12月份累计发现可疑临床表现者198人，已确认结核病患者104人，其中重伤6人，轻伤7人，81名学生休学一年，疫情发生后100多名家长多次到省、市及国家计生委等地上访，造成恶劣社会影响，直接经济损失5492390元。”
在2014年法院作出第一次判决后，杜润拴3次提起上诉。2016年5月，山西省忻州市中级人民法院终审判决，判处被告人杜润拴犯教育设施重大安全事故罪，判处有期徒刑3年，缓刑5年。另一项非国家工作人员受贿罪名被撤销。
2012年7月，杜润拴的二儿子杜永聪代表崇实中学和王新华参加了中国疾病预防控制中心结核病预防控制中心组织的“学校结核病疫情分析研讨会”，在那场会议发布的《调查报告》对疫情进行分析时，称因“同一学期内，短期内出现23例病人，其中肺结核18例”；“班级聚集性和宿舍聚集性明显”，根据《学校结核病防控工作规范（试行）》，判定为一起学校结核病公共卫生事件。在会上全国有5所学校因发生和崇实中学相似的情况作了报告。
杜润拴的辩护律师认为，根据《突发公共卫生事件应急条例》，“突发公共卫生事件应由县级以上地方人民政府卫生行政主管部门，具体负责组织突发事件的调查、控制和医疗救治工作”。“公共卫生事件不是责任事故，学校不是主要责任主体，校长不应是赔偿义务主体。”
对此，中央财经大学法学院讲师简爱告诉记者，根据刑法138条关于教育设施重大安全事故罪的规定，如果直接责任人员履行了报告义务或采取了相应措施，那么就不构成本罪；反之，如果未及时上报、拖延隐瞒而导致了重大伤亡事故的，根据刑法应对直接责任人员处3年以下有期徒刑或者拘役。就犯罪主体而言，校长作为学校行政部门的负责人，且对校内教学设施情况和疾病预防和发生具有核查、上报之责，因此可成为本罪的“直接责任人员”。
中国法学会法律文书学研究会名誉会长张泗汉教授认为，教育设施重大安全事故罪的原意是明知校舍、包括教育教学设施存在重大隐患，不及时报告，不及时采取措施，结果导致人员重大伤亡。但目前没有证据说校舍存在安全隐患，结核病不是因为校舍不安全因素造成的，两者之间没有必然的因果关系。
在一审判决中，判定杜润拴犯“教育设施重大安全事故罪”的主要依据之一是忻州市公安局司法鉴定中心出具的6份重伤鉴定文书，被鉴定对象均为崇实学校的患病学生。
杜润拴对这些鉴定文书提出质疑。其中在一名女孩的鉴定文书中，专家会诊意见认为“前期手术与结核感染有因果关系”。但他当时查询该学生病历显示，当年5月她因突发阑尾炎进行了阑尾切除手术，当时医院的肺结项目检查并未发现她患结核病，直到当年8月30日才发现首次患病。
对此，记者联系了忻州市公安局，该局刑事技术处法医的答复为：根据2013年8月29日至31日专家会诊意见，出具了鉴定文书，对14名学生的身体损害情况作出了鉴定。鉴定的主要依据为：第一，办案部门确定该起事件为刑事案件；第二，刑事案件中对于造成十几名学生身体器官遗留中度或重度功能障碍的后果，需要进行鉴定；第三，肺结核病为结核菌传播，符合鉴定条款中生物性损伤致人体组织、器官结构轻度或重损伤或者部分功能障碍或严重障碍的比照条款。
当时在学校管理后勤的李勇回忆，在教育局的监督下，他们整修了不少地方，比如在水泥地面贴上防滑垫、购买消毒器械等，前后花费了约200万元。在第二个学期开学前，李勇还应教育局的要求将“办学启动资金”310万元转入教育局的账户。在他看来，这意味着教育局批过了他们的整修，办学依然能正常进行。
