此外，宦官、锦衣卫也腐蚀了一部分司法权。刑部的首要责任是受理当地上诉案子，审阅当地大案，审理中心百官案子。民间狱讼非通政司传达，刑部不得受理。
工部在六部中位置最低，且有的尚书、侍郎是以工匠身世，所以被清流所薄。工部下设营缮、虞衡、都水、屯田四司。营缮司掌运营兴作之事，虞衡司掌山泽财捕、熏陶之事，都水司掌川泽、桥道、舟车、编织等事，屯田掌屯种、薪炭、挑夫、陵园等事。
从以上所述能够看出，明代六部是历代中位置最高的，与前代比较自不待言，与这今后的清代比较亦复如此。虽然明代中期今后，内阁实际上成为最高中枢组织，但六部的位置依然无足轻重，乃至一度与内阁发生权利之争。今后关于阁部之争，再作详细阐明。
