这次事件大大毁坏了拓跋珪在汉人中间的形象，可谓遗祸无穷。后来东晋宗室司马休之等人因桓玄之乱打算投奔北魏，由于听说了崔逞被杀之事，十分害怕，最终决定改换门庭，去了后秦和南燕。拓跋珪知道真相十分后悔，这以后才对犯错的北方士人格外宽容。
多年战事使拓跋珪的精神一直处于高度紧张的状态，他担心自己未老先衰，就服用一种叫做“寒食散”的药物。这是当时流行于汉族士人中的药物，主要用于排解心理上的焦虑和不安(可见是有闲阶级的喜好之物，普通老百姓连饭都吃不饱呢，哪里有工夫吃这种药)。这种药本来是东汉名医张仲景首创用来治疗伤寒的，可经过改造却成了一种古代毒品，吃了之后容易上瘾，而且容易发作。发作起来是个什么现象呢?其实就和狂躁症的症状差不多：全身发热、躁动不安、狂奔暴走，等等。
拓跋珪服药一多，药性的发作自然就越来越频繁，他常常几日不醒，或者几日不食，甚至一个人无缘无故地自言自语，脾气更是暴躁不安，喜怒无常。渐渐地，他的疑心病达到了无以复加的地步，靠近他的人有时会无故被他当场刺死(这一点很像晚年的曹操，滥杀无辜，心狂意乱，作为一代君主，这些特性都是逃不过后人的诟病的。
顺带说一句，拓跋珪与曹操在经历上也确有相似之处)。大臣们因为不经意的一句错话，就可能被他处死，就连他的亲人功臣也不例外。拓跋遵因为酒后失礼，就被拓跋珪赐死;司空庾岳由于服饰艳丽、举止傲慢，也被拓跋珪处死;拓跋珪的另一名堂弟，曾在征燕战争中立下汉马功劳的卫王拓跋仪见拓跋珪诛杀大臣，心中自疑，就带着家人想逃出国去，却被拓跋珪派人追回赐死。
北魏民心陷入动荡不安之中，国内又不断出现天灾，拓跋珪了解到这些情况，虽有认错之意，却十分消极，没有什么补救的手段，他唯一的顾虑是皇位的继承权问题。他立长子拓跋嗣为太子后，因担心将来出现母后专权的现象，决定参照汉武帝杀钩弋夫人的旧例，将拓跋嗣的亲生母亲刘贵人杀死，这就是北魏后世一直承袭的“子贵母死”的制度。
应该说，这一制度客观上对于后来北魏政权的稳固起到了一定的促进作用，但在当时遇到了小小的麻烦。拓跋嗣是个十分孝顺的孩子，在宫中日夜啼哭，拓跋珪知道后十分生气，命令拓跋嗣立即进宫。拓跋嗣的手下都说：“皇上现在脾气不好，又发着火，进宫必有不测，不如先找个地方暂且躲起来，等皇上怒气消了再进宫。”拓跋嗣觉得有理，就悄悄出宫，隐匿在外。
太子失踪，拓跋珪更是受了刺激。他的另一个儿子清河王拓跋绍是个典型的游街串巷的无赖公子，其母贺氏是拓跋珪母后的妹妹，也就是拓跋珪的亲姨母。拓跋珪年轻时在贺兰氏的部落中见她长得十分漂亮，也不顾及她已是有夫之妇，便要把她娶来，贺太后反对，劝他说：“绝对不可以，她长得过于漂亮了，而且已经有了丈夫，不可以做这样的事。”拓跋珪不听，派人暗杀了姨母的丈夫，把她强行娶来，生下这个“逆子”。
拓跋绍整日里打劫行人，以此为乐。拓跋珪听说后很气愤，把他倒吊起来扔到井里，即将断气时才捞出来。为了这个儿子，拓跋珪与贺氏夫人常常吵架，吵得不可开交，终于有一天，实在不耐烦了，索性将她囚禁起来，准备处死。
贺夫人也不甘心坐以待毙，她秘密托人捎信给拓跋绍，让他来救自己。年仅十六岁的拓跋绍，于是带着自己的手下与宫人宦官组成的“杂牌军”，连夜翻墙入宫，一直冲到拓跋珪居住的天安殿。拓跋珪末年的暴躁情绪已经造成了宫中的恐怖气氛，守卫们人人自危，竟不敢阻拦，只有人大声叫道：“贼人来啦!”拓跋珪从梦中惊醒，见势不妙，到处寻找防卫的武器而不可得，这位三十九岁的开国皇帝就这样死在了亲生儿子的手中。
拓跋珪一生，年轻时是武功，初步奠定了北魏的生存空间;中年后有一定的文治，开始积累一个朝代的文化底蕴;可惜末年还是逃不过性格的宿命，其行为某种程度上也破坏了前期的成果。不过，他所遗留下来的这个新帝国，已经足够子孙后代经营开发一段时间。拓跋氏所面临的次一课题，是如何将拓跋珪的基业发扬光大。
